Sheffield Institute for
Translational Neuroscience

Professor Winston Hide

Professor of Computational Biology and Bioinformatics


Research Interests

What this lab does

Using mostly computer based analyses we uncover the molecular factors that drive diseases
and work on ways to more rapidly translate these to treatments and diagnostics.

Areas we address to understand diseases better

  • Better understanding of causative processes for diseases
  • Definition of "omic" signatures that are closely associated with disease phenotype and progression
  • Discovery and interpretation of key processes, pathways and genes that contribute to disease
  • More accurate and effective disease models
  • Functional stratification of populations
  • More efficient translation from model organisms to appropriate diagnostics and drug treatments

Visit My Blog

Our software http://hidelab.org


 

Current Projects

How we are working towards the lab goals

Genes contribute to disease - Some genes more than others.
We recognise that many genes are often involved in contributing to one disease.
These genes work together in processes, and processes work together in unusual ways to cause disease.

We are building an in silico functional modelling system that interprets the activities of genes as sets of co-expressed functional pathways. This functional fingerprinting framework allows for prediction of the key pathways that are shared in their activity between a disease, a drug, and response to its application. The platform provides us with the ability to determine the dynamics of pathways and how they relate to each other and as such is a fundamental window into the function of the cell. It allows us to see alterations in pathway activity with disease progression - allowing us to map and predict which pathways will be affected and which pathways are driving sets of processes. Given these insights, this system is an obvious tool for helping us decide on which pathways and genes are important to consider for therapeutic intervention. 

Diseases and programmes we are working on

Alzheimer's disease
Together with Rudi Tanzi at Massachusetts General Hospital and Oliver Hofmann’s group at Harvard School of Public Health we are working too interpret the  whole genome sequences of 1500 AD afflicted individuals, some in families. This has meant rethinking how to call variants in a realistic timeframe, while developing in an appropriate best practice framework. With that problem in progress, we are now turning to linking called variants that have reached some level of significance within affected individuals to the actual causative processes for the disease. This means not only thinking about genes that are involved, but how they are interacting to contribute to AD. This is a completely different kind of problem which explores the complex relationship genomic variation and disease pathology. Our current approaches integrate the heterogenous sources of high throughput assays while attempting a synthesis that reflects the functional interactions of genes in pathways.

Amyotrophic lateral sclerosis (ALS)
Often referred to as "Lou Gehrig's Disease”, this debilitating neurodegenerative disease is the focus of a lot of the work at SITraN and elsewhere. My blog tells why I came here to work on it. My group is working to translate the animal models being made here at SITraN and elsewhere, the thousands of genomes from human subjects afflicted with familial and non-familial forms of the disease, and together with my collaborators at Harvard Stem Cell Institute where I am a principal member of the faculty, human pluripotent stem cell derived models from actual patients. We are working with HSCI faculty Shannan Ho SuiPeter Park, and Kevin Eggan and Clifford Woolf  to build a system that can tell us which pathways are most affected by mutations in ALS patient stem cell models.


Translation of model systems to human health
Using an in silico approach that compares functional activity between model systems such as zebrafish, mouse and humans, we isolate key genes and pathways in the models that may be contributing to diseases in human subjects. We want to determine the dynamics of pathways as they alter their activity within disease progression, and to predict which subjects will respond to a drug treatment - and predict the drugs they will respond to.

The Center for Genome Translation
Watch this space.

Industry
We work closely with industrial partners including BiogenIdec Inc. (disclosure, I consult for Biogen) to help analyse and build models of neurodegenerative disease.

National Genome England projects
Watch this space

Visit My Blog

Research Team

Our team in Sheffield is currently being recruited - Join us!

Visit My Blog

Publications

  1. P. D. Karp, B. Berger, D. Kovats, T. Lengauer, M. Linial, P. Sabeti, W. Hide, and B. Rost, “ISCB Ebola Award for Important Future Research on the Computational Biology of Ebola Virus.,” PLoS Comput Biol, vol. 11, no. 1, p. e1004087, Jan. 2015.
  2. Collaborator: M. C. Y. Ng, D. Shriner, B. H. Chen, J. Li, W.-M. Chen, X. Guo, J. Liu, S. J. Bielinski, L. R. Yanek, M. A. Nalls, M. E. Comeau, L. J. Rasmussen-Torvik, R. A. Jensen, D. S. Evans, Y. V. Sun, P. An, S. R. Patel, Y. Lu, J. Long, L. L. Armstrong, L. Wagenknecht, L. Yang, B. M. Snively, N. D. Palmer, P. Mudgal, C. D. Langefeld, K. L. Keene, B. I. Freedman, J. C. Mychaleckyj, U. Nayak, L. J. Raffel, M. O. Goodarzi, Y.-D. I. Chen, H. A. J. Taylor, A. Correa, M. Sims, D. Couper, J. S. Pankow, E. Boerwinkle, A. Adeyemo, A. Doumatey, G. Chen, R. A. Mathias, D. Vaidya, A. B. Singleton, A. B. Zonderman, R. P. J. Igo, J. R. Sedor, E. K. Kabagambe, D. S. Siscovick, B. McKnight, K. Rice, Y. Liu, W.-C. Hsueh, W. Zhao, L. F. Bielak, A. Kraja, M. A. Province, E. P. Bottinger, O. Gottesman, Q. Cai, W. Zheng, W. J. Blot, W. L. Lowe, J. A. Pacheco, D. C. Crawford, E. Grundberg, S. S. Rich, M. G. Hayes, X. O. Shu, R. J. F. Loos, I. B. Borecki, P. A. Peyser, S. R. Cummings, B. M. Psaty, M. Fornage, S. K. Iyengar, M. K. Evans, D. M. Becker, W. H. L. Kao, J. G. Wilson, J. I. Rotter, M. M. Sale, S. Liu, C. N. Rotimi, and D. W. Bowden, “Meta-analysis of genome-wide association studies in African Americans provides insights into the genetic architecture of type 2 diabetes.,” PLoS Genet, vol. 10, no. 8, p. e1004517, Aug. 2014.
  3. S. M. Tan, R. Kirchner, J. Jin, O. Hofmann, L. McReynolds, W. Hide, and J. Lieberman, “Sequencing of captive target transcripts identifies the network of regulated genes and functions of primate-specific miR-522.,” CellReports, vol. 8, no. 4, pp. 1225–1239, Aug. 2014.
  4. S. M. Tan, G. Altschuler, T. Y. Zhao, H. S. Ang, H. Yang, B. Lim, L. Vardy, W. Hide, A. M. Thomson, and R. R. Lareu, “Divergent LIN28-mRNA associations result in translational suppression upon the initiation of differentiation.,” Nucleic Acids Res, vol. 42, no. 12, pp. 7997–8007, Jul. 2014.
  5. C. Rotimi, A. Abayomi, A. Abimiku, V. M. Adabayeri, C. Adebamowo, E. Adebiyi, A. D. Ademola, A. Adeyemo, D. Adu, D. Affolabi, G. Agongo, S. Ajayi, S. Akarolo-Anthony, R. Akinyemi, A. Akpalu, M. Alberts, O. Alonso Betancourt, A. M. Alzohairy, G. Ameni, O. Amodu, G. Anabwani, K. Andersen, F. Arogundade, O. Arulogun, D. Asogun, R. Bakare, N. Balde, M. L. Baniecki, C. Beiswanger, A. BenKahla, L. Bethke, M. Boehnke, V. Boima, J. Brandful, A. I. Brooks, F. C. Brosius, C. Brown, B. Bucheton, D. T. Burke, B. G. Burnett, S. Carrington-Lawrence, N. Carstens, J. Chisi, A. Christoffels, R. Cooper, H. Cordell, N. Crowther, T. Croxton, J. de Vries, L. Derr, P. Donkor, S. Doumbia, A. Duncanson, I. Ekem, A. El Sayed, M. E. Engel, J. C. K. Enyaru, D. Everett, F. M. Fadlelmola, E. Fakunle, K. H. Fischbeck, A. Fischer, O. Folarin, J. Gamieldien, R. F. Garry, S. Gaseitsiwe, R. Gbadegesin, A. Ghansah, M. Giovanni, P. Goesbeck, F. X. Gomez-Olive, D. S. Grant, R. Grewal, M. Guyer, N. A. Hanchard, C. T. Happi, S. Hazelhurst, B. J. Hennig, C. Hertz, Fowler, W. Hide, F. Hilderbrandt, C. Hugo-Hamman, M. E. Ibrahim, R. James, Y. Jaufeerally-Fakim, C. Jenkins, U. Jentsch, P.-P. Jiang, M. Joloba, V. Jongeneel, F. Joubert, M. Kader, K. Kahn, P. Kaleebu, S. H. Kapiga, S. K. Kassim, I. Kasvosve, J. Kayondo, B. Keavney, A. Kekitiinwa, S. H. Khan, P. Kimmel, M.-C. King, R. Kleta, M. Koffi, J. Kopp, M. Kretzler, J. Kumuthini, S. Kyobe, C. Kyobutungi, D. T. Lackland, K. A. Lacourciere, G. Landoure, R. Lawlor, T. Lehner, M. Lesosky, N. Levitt, K. Littler, Z. Lombard, J. F. Loring, S. Lyantagaye, A. Macleod, E. B. Madden, C. R. Mahomva, J. Makani, M. Mamven, M. Marape, G. Mardon, P. Marshall, D. P. Martin, D. Masiga, R. Mason, M. Mate-Kole, E. Matovu, M. Mayige, B. M. Mayosi, J. C. Mbanya, S. A. McCurdy, M. I. McCarthy, H. McIlleron, S. O. Mc'Ligeyo, C. Merle, A. O. Mocumbi, C. Mondo, J. V. Moran, A. Motala, M. Moxey-Mims, W. S. Mpoloka, C. L. Msefula, T. Mthiyane, N. Mulder, G. H. Mulugeta, D. Mumba, J. Musuku, M. Nagdee, O. Nash, D. Ndiaye, A. Q. Nguyen, M. Nicol, O. Nkomazana, S. Norris, B. Nsangi, A. Nyarko, M. Nyirenda, E. Obe, R. Obiakor, A. Oduro, S. F. Ofori, O. Ogah, S. Ogendo, K. Ohene-Frempong, A. Ojo, T. Olanrewaju, J. Oli, C. Osafo, O. Ouwe Missi Oukem-Boyer, B. Ovbiagele, A. Owen, M. O. Owolabi, L. Owolabi, E. Owusu-Dabo, G. Pare, R. Parekh, H. G. Patterton, M. B. Penno, J. Peterson, R. Pieper, J. Plange-Rhule, M. Pollak, J. Puzak, R. S. Ramesar, M. Ramsay, R. Rasooly, S. Reddy, P. C. Sabeti, K. Sagoe, T. Salako, O. Samassekou, M. S. Sandhu, O. Sankoh, F. S. Sarfo, M. Sarr, G. Shaboodien, I. Sidibe, G. Simo, M. Simuunza, L. Smeeth, E. Sobngwi, H. Soodyall, H. Sorgho, O. Sow Bah, S. Srinivasan, D. J. Stein, E. S. Susser, C. Swanepoel, G. Tangwa, A. Tareila, O. Tastan Bishop, B. Tayo, N. Tiffin, H. Tinto, E. Tobin, S. M. Tollman, M. Traore, M. J. Treadwell, J. Troyer, M. Tsimako-Johnstone, V. Tukei, I. Ulasi, N. Ulenga, B. van Rooyen, A. P. Wachinou, S. P. Waddy, A. Wade, M. Wayengera, J. Whitworth, L. Wideroff, C. A. Winkler, S. Winnicki, A. Wonkam, M. Yewondwos, T. sen, N. Yozwiak, and H. Zar, “Research capacity. Enabling the genomic revolution in Africa.,” Science, vol. 344, no. 6190, pp. 1346–1348, Jun. 2014.
  6. Principal Author: International Glossina Genome Initiative.“Genome sequence of the tsetse fly (Glossina morsitans): vector of African trypanosomiasis.,” Science, vol. 344, no. 6182, pp. 380–386, Apr. 2014.
  7. Collaborator: H. Morikawa, N. Ohkura, A. Vandenbon, M. Itoh, S. Nagao-Sato, H. Kawaji, T. Lassmann, P. Carninci, Y. Hayashizaki, A. R. R. Forrest, D. M. Standley, H. Date, and S. Sakaguchi, “Differential roles of epigenetic changes and Foxp3 expression in regulatory T cell-specific transcriptional regulation.,” Proc Natl Acad Sci USA, vol. 111, no. 14, pp. 5289–5294, Apr. 2014.
  8. Collaborator: R. Andersson, C. Gebhard, I. Miguel-Escalada, I. Hoof, J. Bornholdt, M. Boyd, Y. Chen, X. Zhao, C. Schmidl, T. Suzuki, E. Ntini, E. Arner, E. Valen, K. Li, L. Schwarzfischer, D. Glatz, J. Raithel, B. Lilje, N. Rapin, F. O. Bagger, M. Jorgensen, P. R. Andersen, N. Bertin, O. Rackham, A. M. Burroughs, J. K. Baillie, Y. Ishizu, Y. Shimizu, E. Furuhata, S. Maeda, Y. Negishi, C. J. Mungall, T. F. Meehan, T. Lassmann, M. Itoh, H. Kawaji, N. Kondo, J. Kawai, A. Lennartsson, C. O. Daub, P. Heutink, D. A. Hume, T. H. Jensen, H. Suzuki, Y. Hayashizaki, F. Müller, A. R. R. Forrest, P. Carninci, M. Rehli, and A. Sandelin, “An atlas of active enhancers across human cell types and tissues.,” Nature, vol. 507, no. 7493, pp. 455–461, Mar. 2014.
  9. E. Dimont, O. Hofmann, S. J. Ho Sui, A. R. R. Forrest, H. Kawaji, and W. Hide, “CAGExploreR: an R package for the analysis and visualization of promoter dynamics across multiple experiments.,” Bioinformatics, Mar. 2014.
  10. Senior co-author: A. R. R. Forrest, H. Kawaji, M. Rehli, J. K. Baillie, M. J. L. de Hoon, V. Haberle, T. Lassman, I. V. Kulakovskiy, M. Lizio, M. Itoh, R. Andersson, C. J. Mungall, T. F. Meehan, S. Schmeier, N. Bertin, M. Jorgensen, E. Dimont, E. Arner, C. Schmidl, U. Schaefer, Y. A. Medvedeva, C. Plessy, M. Vitezic, J. Severin, C. A. Semple, Y. Ishizu, R. S. Young, M. Francescatto, I. Alam, D. Albanese, G. M. Altschuler, T. Arakawa, J. A. C. Archer, P. Arner, M. Babina, S. Rennie, P. J. Balwierz, A. G. Beckhouse, S. Pradhan-Bhatt, J. A. Blake, A. Blumenthal, B. Bodega, A. Bonetti, J. Briggs, F. Brombacher, A. M. Burroughs, A. Califano, C. V. Cannistraci, D. Carbajo, Y. Chen, M. Chierici, Y. Ciani, H. C. Clevers, E. Dalla, C. A. Davis, M. Detmar, A. D. Diehl, T. Dohi, F. Drabløs, A. S. B. Edge, M. Edinger, K. Ekwall, M. Endoh, H. Enomoto, M. Fagiolini, L. Fairbairn, H. Fang, M. C. Farach-Carson, G. J. Faulkner, A. V. Favorov, M. E. Fisher, M. C. Frith, R. Fujita, S. Fukuda, C. Furlanello, M. Furino, J.-I. Furusawa, T. B. Geijtenbeek, A. P. Gibson, T. Gingeras, D. Goldowitz, J. Gough, S. Guhl, R. Guler, S. Gustincich, T. J. Ha, M. Hamaguchi, M. Hara, M. Harbers, J. Harshbarger, A. Hasegawa, Y. Hasegawa, T. Hashimoto, M. Herlyn, K. J. Hitchens, S. J. Ho Sui, O. M. Hofmann, I. Hoof, F. Hori, L. Huminiecki, K. Iida, T. Ikawa, B. R. Jankovic, H. Jia, A. Joshi, G. Jurman, B. Kaczkowski, C. Kai, K. Kaida, A. Kaiho, K. Kajiyama, M. Kanamori-Katayama, A. S. Kasianov, T. Kasukawa, S. Katayama, S. Kato, S. Kawaguchi, H. Kawamoto, Y. I. Kawamura, T. Kawashima, J. S. Kempfle, T. J. Kenna, J. Kere, L. M. Khachigian, T. Kitamura, S. P. Klinken, A. J. Knox, M. Kojima, S. Kojima, N. Kondo, H. Koseki, S. Koyasu, S. Krampitz, A. Kubosaki, A. T. Kwon, J. F. J. Laros, W. Lee, A. Lennartsson, K. Li, B. Lilje, L. Lipovich, A. Mackay-Sim, R.-I. Manabe, J. C. Mar, B. Marchand, A. Mathelier, N. Mejhert, A. Meynert, Y. Mizuno, D. A. de Lima Morais, H. Morikawa, M. Morimoto, K. Moro, E. Motakis, H. Motohashi, C. L. Mummery, M. Murata, S. Nagao-Sato, Y. Nakachi, F. Nakahara, T. Nakamura, Y. Nakamura, K. Nakazato, E. van Nimwegen, N. Ninomiya, H. Nishiyori, S. Noma, T. Noazaki, S. Ogishima, N. Ohkura, H. Ohimiya, H. Ohno, M. Ohshima, M. Okada-Hatakeyama, Y. Okazaki, V. Orlando, D. A. Ovchinnikov, A. Pain, R. Passier, M. Patrikakis, H. Persson, S. Piazza, J. G. D. Prendergast, O. J. L. Rackham, J. A. Ramilowski, M. Rashid, T. Ravasi, P. Rizzu, M. Roncador, S. Roy, M. B. Rye, E. Saijyo, A. Sajantila, A. Saka, S. Sakaguchi, M. Sakai, H. Sato, S. Savvi, A. Saxena, C. Schneider, E. A. Schultes, G. G. Schulze-Tanzil, A. Schwegmann, T. Sengstag, G. Sheng, H. Shimoji, Y. Shimoni, J. W. Shin, C. Simon, D. Sugiyama, T. Sugiyama, M. Suzuki, N. Suzuki, R. K. Swoboda, P. A. C. t Hoen, M. Tagami, N. Takahashi, J. Takai, H. Tanaka, H. Tatsukawa, Z. Tatum, M. Thompson, H. Toyodo, T. Toyoda, E. Valen, M. van de Wetering, L. M. van den Berg, R. Verado, D. Vijayan, I. E. Vorontsov, W. W. Wasserman, S. Watanabe, C. A. Wells, L. N. Winteringham, E. Wolvetang, E. J. Wood, Y. Yamaguchi, M. Yamamoto, M. Yoneda, Y. Yonekura, S. Yoshida, S. E. Zabierowski, P. G. Zhang, X. Zhao, S. Zucchelli, K. M. Summers, H. Suzuki, C. O. Daub, J. Kawai, P. Heutink, W. Hide, T. C. Freeman, B. Lenhard, V. B. Bajic, M. S. Taylor, V. J. Makeev, A. Sandelin, D. A. Hume, P. Carninci, and Y. Hayashizaki, “A promoter-level mammalian expression atlas.,” Nature, vol. 507, no. 7493, pp. 462–470, Mar. 2014.
  11. J. Liu, A. M. Krautzberger, S. H. Sui, O. M. Hofmann, Y. Chen, M. Baetscher, I. Grgic, S. Kumar, B. D. Humphreys, W. A. Hide, and A. P. McMahon, “Cell-specific translational profiling in acute kidney injury.,” J. Clin. Invest., vol. 124, no. 3, pp. 1242–1254, Mar. 2014.
  12. J. M. Zook, B. Chapman, J. Wang, D. Mittelman, O. Hofmann, W. Hide, and M. Salit, “Integrating human sequence data sets provides a resource of benchmark SNP and indel genotype calls.,” Nat Biotechnol, vol. 32, no. 3, pp. 246–251, Mar. 2014.
  13. Collaborator: M. Claussnitzer, S. N. Dankel, B. Klocke, H. Grallert, V. Glunk, T. Berulava, H. Lee, N. Oskolkov, J. Fadista, K. Ehlers, S. Wahl, C. Hoffmann, K. Qian, T. Ronn, H. Riess, M. Muller-Nurasyid, N. Bretschneider, T. Schroeder, T. Skurk, B. Horsthemke, D. Spieler, M. Klingenspor, M. Seifert, M. J. Kern, N. Mejhert, I. Dahlman, O. Hansson, S. M. Hauck, M. Bluher, P. Arner, L. Groop, T. Illig, K. Suhre, Y.-H. Hsu, G. Mellgren, H. Hauner, and H. Laumen, “Leveraging cross-species transcription factor binding site patterns: from diabetes risk loci to disease mechanisms.,” Cell, vol. 156, no. 1, pp. 343–358, Jan. 2014.
  14. Collaborator: E. Arner, A. R. R. Forrest, A. Ehrlund, N. Mejhert, M. Itoh, H. Kawaji, T. Lassmann, J. Laurencikiene, M. Rydén, and P. Arner, “Ceruloplasmin is a novel adipokine which is overexpressed in adipose tissue of obese subjects and in obesity-associated cancer cells.,” PLoS One, vol. 9, no. 3, p. e80274, 2014.
  15. Collaborator: Y. Hasegawa, D. Tang, N. Takahashi, Y. Hayashizaki, A. R. R. Forrest, and H. Suzuki, “CCL2 enhances pluripotency of human induced pluripotent stem cells by activating hypoxia related genes.,” Sci Rep, vol. 4, p. 5228, 2014.
  16. J. Z. Li, B. Chapman, P. Charlebois, O. Hofmann, B. Weiner, A. J. Porter, R. Samuel, S. Vardhanabhuti, L. Zheng, J. Eron, B. Taiwo, M. C. Zody, M. R. Henn, D. R. Kuritzkes, W. Hide, C. C. Wilson, B. I. Berzins, E. P. Acosta, B. Bastow, P. S. Kim, S. W. Read, J. Janik, D. S. Meres, M. M. Lederman, L. Mong-Kryspin, K. E. Shaw, L. G. Zimmerman, R. Leavitt, G. De La Rosa, and A. Jennings, “Comparison of illumina and 454 deep sequencing in participants failing raltegravir-based antiretroviral therapy.,” PLoS One, vol. 9, no. 3, p. e90485, 2014.
  17. H.-T. Huang, K. L. Kathrein, A. Barton, Z. Gitlin, Y.-H. Huang, T. P. Ward, O. Hofmann, A. DiBiase, A. Song, S. Tyekucheva, W. Hide, Y. Zhou, and L. I. Zon, “A network of epigenetic regulators guides developmental haematopoiesis in vivo.,” Nature Cell Biology, vol. 15, no. 12, pp. 1516–1525, Dec. 2013.
  18. Collaborator: S. Prudente, M. Copetti, E. Morini, C. Mendonca, F. Andreozzi, M. Chandalia, R. Baratta, F. Pellegrini, L. Mercuri, D. Bailetti, N. Abate, L. Frittitta, G. Sesti, J. C. Florez, A. Doria, and V. Trischitta, “The SH2B1 obesity locus and abnormal glucose homeostasis: lack of evidence for association from a meta-analysis in individuals of European ancestry.,” Nutr Metab Cardiovasc Dis, vol. 23, no. 11, pp. 1043–1049, Nov. 2013.
  19. F. Petrocca, G. Altschuler, S. M. Tan, M. L. Mendillo, H. Yan, D. J. Jerry, A. L. Kung, W. Hide, T. A. Ince, and J. Lieberman, “A genome-wide siRNA screen identifies proteasome addiction as a vulnerability of basal-like triple-negative breast cancer cells.,” Cancer Cell, vol. 24, no. 2, pp. 182–196, Aug. 2013.
  20. Co-Senior Author: C. J. Sandberg, G. Altschuler, J. Jeong, K. K. Strømme, B. Stangeland, W. Murrell, U.-H. Grasmo-Wendler, O. Myklebost, E. Helseth, E. O. Vik-Mo, W. Hide, and I. A. Langmoen, “Comparison of glioma stem cells to neural stem cells from the adult human brain identifies dysregulated Wnt- signaling and a fingerprint associated with clinical outcome.,” Exp Cell Res, vol. 319, no. 14, pp. 2230–2243, Aug. 2013.
  21. Collaborator: R. Saxena, D. Saleheen, L. F. Been, M. L. Garavito, T. Braun, A. Bjonnes, R. Young, W. K. Ho, A. Rasheed, P. Frossard, X. Sim, N. Hassanali, V. Radha, M. Chidambaram, S. Liju, S. D. Rees, D. P.-K. Ng, T.-Y. Wong, T. Yamauchi, K. Hara, Y. Tanaka, H. Hirose, M. I. McCarthy, A. P. Morris, A. Basit, A. H. Barnett, P. Katulanda, D. Matthews, V. Mohan, G. S. Wander, J. R. Singh, N. K. Mehra, S. Ralhan, M. I. Kamboh, J. J. Mulvihill, H. Maegawa, K. Tobe, S. Maeda, Y. S. Cho, E.-S. Tai, M. A. Kelly, J. C. Chambers, J. S. Kooner, T. Kadowaki, P. Deloukas, D. J. Rader, J. Danesh, and D. K. Sanghera, “Genome-wide association study identifies a novel locus contributing to type 2 diabetes susceptibility in Sikhs of Punjabi origin from India.,” Diabetes, vol. 62, no. 5, pp. 1746–1755, May 2013.
  22. Collaborator: R. Tabassum, G. Chauhan, O. P. Dwivedi, A. Mahajan, A. Jaiswal, I. Kaur, K. Bandesh, T. Singh, B. J. Mathai, Y. Pandey, M. Chidambaram, A. Sharma, S. Chavali, S. Sengupta, L. Ramakrishnan, P. Venkatesh, S. K. Aggarwal, S. Ghosh, D. Prabhakaran, R. K. Srinath, M. Saxena, M. Banerjee, S. Mathur, A. Bhansali, V. N. Shah, S. V. Madhu, R. K. Marwaha, A. Basu, V. Scaria, M. I. McCarthy, R. Venkatesan, V. Mohan, N. Tandon, and D. Bharadwaj, “Genome-wide association study for type 2 diabetes in Indians identifies a new susceptibility locus at 2q21.,” Diabetes, vol. 62, no. 3, pp. 977–986, Mar. 2013.
  23. Collaborator: H. Li, W. Gan, L. Lu, X. Dong, X. Han, C. Hu, Z. Yang, L. Sun, W. Bao, P. Li, M. He, L. Sun, Y. Wang, J. Zhu, Q. Ning, Y. Tang, R. Zhang, J. Wen, D. Wang, X. Zhu, K. Guo, X. Zuo, X. Guo, H. Yang, X. Zhou, X. Zhang, L. Qi, R. J. F. Loos, F. B. Hu, T. Wu, Y. Liu, L. Liu, Z. Yang, R. Hu, W. Jia, L. Ji, Y. Li, and X. Lin, “A genome-wide association study identifies GRK5 and RASGRP1 as type 2 diabetes loci in Chinese Hans.,” Diabetes, vol. 62, no. 1, pp. 291–298, Jan. 2013.
  24. G. M. Altschuler, O. Hofmann, I. Kalatskaya, R. Payne, S. J. Ho Sui, U. Saxena, A. V. Krivtsov, S. A. Armstrong, T. Cai, L. Stein, and W. A. Hide, “Pathprinting: An integrative approach to understand the functional basis of disease.,” Genome Medicine, vol. 5, no. 7, p. 68, 2013.
  25. Collaborator: J. Lemaire, G. Mkannez, F. Z. Guerfali, C. Gustin, H. Attia, R. M. Sghaier, K. Dellagi, D. Laouini, and P. Renard, “MicroRNA expression profile in human macrophages in response to Leishmania major infection.,” PLoS Negl Trop Dis, vol. 7, no. 10, p. e2478, 2013.
  26. R. Sompallae, O. Hofmann, C. A. Maher, C. Gedye, A. Behren, M. Vitezic, C. O. Daub, S. Devalle, O. L. Caballero, P. Carninci, Y. Hayashizaki, E. R. Lawlor, J. Cebon, and W. Hide, “A comprehensive promoter landscape identifies a novel promoter for CD133 in restricted tissues, cancers, and stem cells.,” Front Genet, vol. 4, p. 209, 2013.
  27. R. A. White, J. V. Bjørnholt, D. D. Baird, T. Midtvedt, J. R. Harris, M. Pagano, W. Hide, K. Rudi, B. Moen, N. Iszatt, S. D. Peddada, and M. Eggesbo, “Novel developmental analyses identify longitudinal patterns of early gut microbiota that affect infant growth.,” PLoS Comput Biol, vol. 9, no. 5, p. e1003042, 2013.
  28. P. S. Lai, J. M. Fresco, M. A. Pinilla, A. A. Macias, R. D. Brown, J. A. Englert, O. Hofmann, J. A. Lederer, W. Hide, D. C. Christiani, M. Cernadas, and R. M. Baron, “Chronic endotoxin exposure produces airflow obstruction and lung dendritic cell expansion.,” Am J Respir Cell Mol Biol, vol. 47, no. 2, pp. 209–217, Aug. 2012.
  29. Collaborator: M. Imamura, S. Maeda, T. Yamauchi, K. Hara, K. Yasuda, T. Morizono, A. Takahashi, M. Horikoshi, M. Nakamura, H. Fujita, T. Tsunoda, M. Kubo, H. Watada, H. Maegawa, M. Okada-Iwabu, M. Iwabu, N. Shojima, T. Ohshige, S. Omori, M. Iwata, H. Hirose, K. Kaku, C. Ito, Y. Tanaka, K. Tobe, A. Kashiwagi, R. Kawamori, M. Kasuga, N. Kamatani, Y. Nakamura, and T. Kadowaki, “A single-nucleotide polymorphism in ANK1 is associated with susceptibility to type 2 diabetes in Japanese populations.,” Hum. Mol. Genet., vol. 21, no. 13, pp. 3042–3049, Jul. 2012.
  30. Collaborator: A. K. Manning, M.-F. Hivert, R. A. Scott, J. L. Grimsby, N. Bouatia-Naji, H. Chen, D. Rybin, C.-T. Liu, L. F. Bielak, I. Prokopenko, N. Amin, D. Barnes, G. Cadby, J.-J. Hottenga, E. Ingelsson, A. U. Jackson, T. Johnson, S. Kanoni, C. Ladenvall, V. Lagou, J. Lahti, C. Lecoeur, Y. Liu, M. T. Martínez-Larrad, M. E. Montasser, P. Navarro, J. R. B. Perry, L. J. Rasmussen-Torvik, P. Salo, N. Sattar, D. Shungin, R. J. Strawbridge, T. Tanaka, C. M. van Duijn, P. An, M. de Andrade, J. S. Andrews, T. Aspelund, M. Atalay, Y. Aulchenko, B. Balkau, S. Bandinelli, J. S. Beckmann, J. P. Beilby, C. Bellis, R. N. Bergman, J. Blangero, M. Boban, M. Boehnke, E. Boerwinkle, L. L. Bonnycastle, D. I. Boomsma, I. B. Borecki, Y. Böttcher, C. Bouchard, E. Brunner, D. Budimir, H. Campbell, O. Carlson, P. S. Chines, R. Clarke, F. S. Collins, A. Corbaton-Anchuelo, D. Couper, U. de Faire, G. V. Dedoussis, P. Deloukas, M. Dimitriou, J. M. Egan, G. Eiriksdottir, M. R. Erdos, J. G. Eriksson, E. Eury, L. Ferrucci, I. Ford, N. G. Forouhi, C. S. Fox, M. G. Franzosi, P. W. Franks, T. M. Frayling, P. Froguel, P. Galan, E. de Geus, B. Gigante, N. L. Glazer, A. Goel, L. Groop, V. Gudnason, G. Hallmans, A. Hamsten, O. Hansson, T. B. Harris, C. Hayward, S. Heath, S. Hercberg, A. A. Hicks, A. Hingorani, A. Hofman, J. Hui, J. Hung, M.-R. Jarvelin, M. A. Jhun, P. C. D. Johnson, J. W. Jukema, A. Jula, W. H. Kao, J. Kaprio, S. L. R. Kardia, S. Keinanen-Kiukaanniemi, M. Kivimaki, I. Kolcic, P. Kovacs, M. Kumari, J. Kuusisto, K. O. Kyvik, M. Laakso, T. Lakka, L. Lannfelt, G. M. Lathrop, L. J. Launer, K. Leander, G. Li, L. Lind, J. Lindstrom, S. Lobbens, R. J. F. Loos, J. Luan, V. Lyssenko, R. Mägi, P. K. E. Magnusson, M. Marmot, P. Meneton, K. L. Mohlke, V. Mooser, M. A. Morken, I. Miljkovic, N. Narisu, J. O'Connell, K. K. Ong, B. A. Oostra, L. J. Palmer, A. Palotie, J. S. Pankow, J. F. Peden, N. L. Pedersen, M. Pehlic, L. Peltonen, B. Penninx, M. Pericic, M. Perola, L. Perusse, P. A. Peyser, O. Polasek, P. P. Pramstaller, M. A. Province, K. Raikkonen, R. Rauramaa, E. Rehnberg, K. Rice, J. I. Rotter, I. Rudan, A. Ruokonen, T. Saaristo, M. Sabater-Lleal, V. Salomaa, D. B. Savage, R. Saxena, P. Schwarz, U. Seedorf, B. Sennblad, M. Serrano-Ríos, A. R. Shuldiner, E. J. G. Sijbrands, D. S. Siscovick, J. H. Smit, K. S. Small, N. L. Smith, A. V. Smith, A. Stancakova, K. Stirrups, M. Stumvoll, Y. V. Sun, A. J. Swift, A. Tönjes, J. Tuomilehto, S. Trompet, A. G. Uitterlinden, M. Uusitupa, M. Vikstrom, V. Vitart, M.-C. Vohl, B. F. Voight, P. Vollenweider, G. Waeber, D. M. Waterworth, H. Watkins, E. Wheeler, E. Widen, S. H. Wild, S. M. Willems, G. Willemsen, J. F. Wilson, J. C. M. Witteman, A. F. Wright, H. Yaghootkar, D. Zelenika, T. Zemunik, L. Zgaga, N. J. Wareham, M. I. McCarthy, I. Barroso, R. M. Watanabe, J. C. Florez, J. Dupuis, J. B. Meigs, and C. Langenberg, “A genome-wide approach accounting for body mass index identifies genetic variants influencing fasting glycemic traits and insulin resistance.,” Nat Genet, vol. 44, no. 6, pp. 659–669, Jun. 2012.
  31. M. Mazumdar, W. Xia, O. Hofmann, M. Gregas, S. Ho Sui, W. Hide, T. Yang, H. L. Needleman, and D. C. Bellinger, “Prenatal lead levels, plasma amyloid beta levels, and gene expression in young adulthood.,” Environ. Health Perspect., vol. 120, no. 5, pp. 702–707, May 2012.
  32. Collaborator: E. A. Stahl, D. Wegmann, G. Trynka, J. Gutierrez-Achury, R. Do, B. F. Voight, P. Kraft, R. Chen, H. J. Kallberg, F. A. S. Kurreeman, S. Kathiresan, C. Wijmenga, P. K. Gregersen, L. Alfredsson, K. A. Siminovitch, J. Worthington, P. I. W. de Bakker, S. Raychaudhuri, and R. M. Plenge, “Bayesian inference analyses of the polygenic architecture of rheumatoid arthritis.,” Nat Genet, vol. 44, no. 5, pp. 483–489, May 2012.
  33. Collaborator: M. Marquez, M. Huyvaert, J. R. B. Perry, R. D. Pearson, M. Falchi, A. P. Morris, S. Vivequin, S. Lobbens, L. Yengo, S. Gaget, F. Pattou, O. Poulain-Godefroy, G. Charpentier, L. M. S. Carlsson, P. Jacobson, L. Sjöström, O. Lantieri, B. Heude, A. Walley, B. Balkau, M. Marre, P. Froguel, and S. Cauchi, “Low-frequency variants in HMGA1 are not associated with type 2 diabetes risk.,” Diabetes, vol. 61, no. 2, pp. 524–530, Feb. 2012.
  34. H. Zhao, W. Lin, K. Kumthip, D. Cheng, D. N. Fusco, O. Hofmann, N. Jilg, A. W. Tai, K. Goto, L. Zhang, W. Hide, J. Y. Jang, L. F. Peng, and R. T. Chung, “A functional genomic screen reveals novel host genes that mediate interferon-alpha's effects against hepatitis C virus.,” J Hepatol, vol. 56, no. 2, pp. 326–333, Feb. 2012.
  35. Collaborator: Y. S. Cho, C.-H. Chen, C. Hu, J. Long, R. T. H. Ong, X. Sim, F. Takeuchi, Y. Wu, M. J. Go, T. Yamauchi, Y.-C. Chang, S. H. Kwak, R. C. W. Ma, K. Yamamoto, L. S. Adair, T. Aung, Q. Cai, L.-C. Chang, Y.-T. Chen, Y. Gao, F. B. Hu, H.-L. Kim, S. Kim, Y. J. Kim, J. J.-M. Lee, N. R. Lee, Y. Li, J. J. Liu, W. Lu, J. Nakamura, E. Nakashima, D. P.-K. Ng, W. T. Tay, F.-J. Tsai, T.-Y. Wong, M. Yokota, W. Zheng, R. Zhang, C. Wang, W. Y. So, K. Ohnaka, H. Ikegami, K. Hara, Y. M. Cho, N. H. Cho, T.-J. Chang, Y. Bao, A. K. Hedman, A. P. Morris, M. I. McCarthy, R. Takayanagi, K. S. Park, W. Jia, L.-M. Chuang, J. C. N. Chan, S. Maeda, T. Kadowaki, J.-Y. Lee, J.-Y. Wu, Y. Y. Teo, E.-S. Tai, X. O. Shu, K. L. Mohlke, N. Kato, B.-G. Han, and M. Seielstad, “Meta-analysis of genome-wide association studies identifies eight new loci for type 2 diabetes in east Asians.,” Nat Genet, vol. 44, no. 1, pp. 67–72, Jan. 2012.
  36. S. J. Ho Sui, K. Begley, D. Reilly, B. Chapman, R. McGovern, P. Rocca-Sera, E. Maguire, G. M. Altschuler, T. A. A. Hansen, R. Sompallae, A. Krivtsov, R. A. Shivdasani, S. A. Armstrong, A. C. Culhane, M. Correll, S.-A. Sansone, O. Hofmann, and W. Hide, “The Stem Cell Discovery Engine: an integrated repository and analysis system for cancer stem cell comparisons.,” Nucleic Acids Res, vol. 40, no. Database issue, pp. D984–91, Jan. 2012.
  37. T. Taniya, S. Tanaka, Y. Yamaguchi-Kabata, H. Hanaoka, C. Yamasaki, H. Maekawa, R. A. Barrero, B. Lenhard, M. W. Datta, M. Shimoyama, R. Bumgarner, R. Chakraborty, I. Hopkinson, L. Jia, W. Hide, C. Auffray, S. Minoshima, T. Imanishi, and T. Gojobori, “A prioritization analysis of disease association by data-mining of functional annotation of human genes.,” Genomics, vol. 99, no. 1, pp. 1–9, Jan. 2012.
  38. P. R. Bushel, R. McGovern, L. Liu, O. Hofmann, A. Huda, J. Lu, W. Hide, and X. Lin, “Population differences in transcript-regulator expression quantitative trait loci.,” PLoS One, vol. 7, no. 3, p. e34286, 2012.
  39. Z. Dastani, M.-F. Hivert, N. Timpson, J. R. B. Perry, X. Yuan, R. A. Scott, P. Henneman, I. M. Heid, J. R. Kizer, L.-P. Lyytikäinen, C. Fuchsberger, T. Tanaka, A. P. Morris, K. Small, A. Isaacs, M. Beekman, S. Coassin, K. Lohman, L. Qi, S. Kanoni, J. S. Pankow, H.-W. Uh, Y. Wu, A. Bidulescu, L. J. Rasmussen-Torvik, C. M. T. Greenwood, M. Ladouceur, J. Grimsby, A. K. Manning, C.-T. Liu, J. Kooner, V. E. Mooser, P. Vollenweider, K. A. Kapur, J. Chambers, N. J. Wareham, C. Langenberg, R. Frants, K. Willems-vanDijk, B. A. Oostra, S. M. Willems, C. Lamina, T. W. Winkler, B. M. Psaty, R. P. Tracy, J. Brody, I. Chen, J. Viikari, M. Kähönen, P. P. Pramstaller, D. M. Evans, B. St Pourcain, N. Sattar, A. R. Wood, S. Bandinelli, O. D. Carlson, J. M. Egan, S. Bohringer, D. van Heemst, L. Kedenko, K. Kristiansson, M.-L. Nuotio, B.-M. Loo, T. Harris, M. Garcia, A. Kanaya, M. Haun, N. Klopp, H. E. Wichmann, P. Deloukas, E. Katsareli, D. J. Couper, B. B. Duncan, M. Kloppenburg, L. S. Adair, J. B. Borja, J. G. Wilson, S. Musani, X. Guo, T. Johnson, R. Semple, T. M. Teslovich, M. A. Allison, S. Redline, S. G. Buxbaum, K. L. Mohlke, I. Meulenbelt, C. M. Ballantyne, G. V. Dedoussis, F. B. Hu, Y. Liu, B. Paulweber, T. D. Spector, P. E. Slagboom, L. Ferrucci, A. Jula, M. Perola, O. Raitakari, J. C. Florez, V. Salomaa, J. G. Eriksson, T. M. Frayling, A. A. Hicks, T. Lehtimäki, G. D. Smith, D. S. Siscovick, F. Kronenberg, C. van Duijn, R. J. F. Loos, D. M. Waterworth, J. B. Meigs, J. Dupuis, J. B. Richards, B. F. Voight, L. J. Scott, V. Steinthorsdottir, C. Dina, R. P. Welch, E. Zeggini, C. Huth, Y. S. Aulchenko, G. Thorleifsson, L. J. Mcculloch, T. Ferreira, H. Grallert, N. Amin, G. Wu, C. J. Willer, S. Raychaudhuri, S. A. Mccarroll, O. M. Hofmann, A. V. Segrè, M. van Hoek, P. Navarro, K. Ardlie, B. Balkau, R. Benediktsson, A. J. Bennett, R. Blagieva, E. Boerwinkle, L. L. Bonnycastle, K. B. Boström, B. Bravenboer, S. Bumpstead, N. P. Burtt, G. Charpentier, P. S. Chines, M. Cornelis, G. Crawford, A. S. F. Doney, K. S. Elliott, A. L. Elliott, M. R. Erdos, C. S. Fox, C. S. Franklin, M. Ganser, C. Gieger, N. Grarup, T. Green, S. Griffin, C. J. Groves, C. Guiducci, S. Hadjadj, N. Hassanali, C. Herder, B. Isomaa, A. U. Jackson, P. R. V. Johnson, T. Jørgensen, W. H. L. Kao, A. Kong, P. Kraft, J. Kuusisto, T. Lauritzen, M. Li, A. Lieverse, C. M. Lindgren, V. Lyssenko, M. Marre, T. Meitinger, K. Midthjell, M. A. Morken, N. Narisu, P. Nilsson, K. R. Owen, F. Payne, A.-K. Petersen, C. Platou, C. Proença, I. Prokopenko, W. Rathmann, N. W. Rayner, N. R. Robertson, G. Rocheleau, M. Roden, M. J. Sampson, R. Saxena, B. M. Shields, P. Shrader, G. Sigurdsson, T. Sparsø, K. Strassburger, H. M. Stringham, Q. Sun, A. J. Swift, B. Thorand, J. Tichet, T. Tuomi, R. M. van Dam, T. W. van Haeften, T. van Herpt, J. V. van Vliet-Ostaptchouk, G. B. Walters, M. N. Weedon, C. Wijmenga, J. Witteman, R. N. Bergman, S. Cauchi, F. S. Collins, A. L. Gloyn, U. Gyllensten, T. Hansen, W. A. Hide, G. A. Hitman, A. Hofman, D. J. Hunter, K. Hveem, M. Laakso, A. D. Morris, C. N. A. Palmer, I. Rudan, E. Sijbrands, L. D. Stein, J. Tuomilehto, A. Uitterlinden, M. Walker, R. M. Watanabe, G. R. Abecasis, B. O. Boehm, H. Campbell, M. J. Daly, A. T. Hattersley, O. Pedersen, I. Barroso, L. Groop, R. Sladek, U. Thorsteinsdottir, J. F. Wilson, T. Illig, P. Froguel, C. M. van Duijn, K. Stefansson, D. Altshuler, M. Boehnke, M. I. McCarthy, N. Soranzo, E. Wheeler, N. L. Glazer, N. Bouatia-Naji, R. Mägi, J. Randall, P. Elliott, D. Rybin, A. Dehghan, J.-J. Hottenga, K. Song, A. Goel, T. Lajunen, A. Doney, C. Cavalcanti-Proença, M. Kumari, N. J. Timpson, C. Zabena, E. Ingelsson, P. An, J. O'Connell, J. Luan, A. Elliott, S. A. McCarroll, R. M. Roccasecca, F. Pattou, P. Sethupathy, Y. Ariyurek, P. Barter, J. P. Beilby, Y. Ben-Shlomo, S. Bergmann, M. Bochud, A. Bonnefond, K. Borch-Johnsen, Y. Böttcher, E. Brunner, S. J. Bumpstead, Y.-D. I. Chen, P. Chines, R. Clarke, L. J. M. Coin, M. N. Cooper, L. Crisponi, I. N. M. Day, E. J. C. de Geus, J. Delplanque, A. C. Fedson, A. Fischer-Rosinsky, N. G. Forouhi, M. G. Franzosi, P. Galan, M. O. Goodarzi, J. Graessler, S. Grundy, R. Gwilliam, G. Hallmans, N. Hammond, X. Han, A.-L. Hartikainen, C. Hayward, S. C. Heath, S. Hercberg, D. R. Hillman, A. D. Hingorani, J. Hui, J. Hung, M. Kaakinen, J. Kaprio, Y. A. Kesaniemi, M. Kivimaki, B. Knight, S. Koskinen, P. Kovacs, K. O. Kyvik, G. M. Lathrop, D. A. Lawlor, O. Le Bacquer, C. Lecoeur, Y. Li, R. Mahley, M. Mangino, M. T. Martínez-Larrad, J. B. McAteer, R. McPherson, C. Meisinger, D. Melzer, D. Meyre, B. D. Mitchell, S. Mukherjee, S. Naitza, M. J. Neville, M. Orrù, R. Pakyz, G. Paolisso, C. Pattaro, D. Pearson, J. F. Peden, N. L. Pedersen, A. F. H. Pfeiffer, I. Pichler, O. Polasek, D. Posthuma, S. C. Potter, A. Pouta, M. A. Province, N. W. Rayner, K. Rice, S. Ripatti, F. Rivadeneira, O. Rolandsson, A. Sandbaek, M. Sandhu, S. Sanna, A. A. Sayer, P. Scheet, U. Seedorf, S. J. Sharp, B. Shields, G. Sigurethsson, E. J. G. Sijbrands, A. Silveira, L. Simpson, A. Singleton, N. L. Smith, U. Sovio, A. Swift, H. Syddall, A.-C. Syvänen, A. Tönjes, A. G. Uitterlinden, K. W. van Dijk, D. Varma, S. Visvikis-Siest, V. Vitart, N. Vogelzangs, G. Waeber, P. J. Wagner, A. Walley, K. L. Ward, H. Watkins, S. H. Wild, G. Willemsen, J. C. M. Witteman, J. W. G. Yarnell, D. Zelenika, B. Zethelius, G. Zhai, J. H. Zhao, M. C. Zillikens, I. B. Borecki, P. Meneton, P. K. E. Magnusson, D. M. Nathan, G. H. Williams, K. Silander, S. R. Bornstein, P. Schwarz, J. Spranger, F. Karpe, A. R. Shuldiner, C. Cooper, M. Serrano-Ríos, L. Lind, L. J. Palmer, F. B. 1. Hu, P. W. Franks, S. Ebrahim, M. Marmot, W. H. L. Kao, P. P. Pramstaller, A. F. Wright, M. Stumvoll, A. Hamsten, T. A. Buchanan, T. T. Valle, J. I. Rotter, B. W. J. H. Penninx, D. I. Boomsma, A. Cao, A. Scuteri, D. Schlessinger, M. Uda, A. Ruokonen, M.-R. Jarvelin, L. Peltonen, V. Mooser, R. Sladek, K. Musunuru, A. V. Smith, A. C. Edmondson, I. M. Stylianou, M. Koseki, J. P. Pirruccello, D. I. Chasman, C. T. Johansen, S. W. Fouchier, G. M. Peloso, M. Barbalic, S. L. Ricketts, J. C. Bis, M. F. Feitosa, M. Orho-Melander, O. Melander, X. Li, M. Li, Y. S. Cho, M. J. Go, Y. J. Kim, J.-Y. Lee, T. Park, K. Kim, X. Sim, R. T. H. Ong, D. C. Croteau-Chonka, L. A. Lange, J. D. Smith, A. Ziegler, W. Zhang, R. Y. L. Zee, J. B. Whitfield, J. R. Thompson, I. Surakka, T. D. Spector, J. H. Smit, J. Sinisalo, J. Scott, J. Saharinen, C. Sabatti, L. M. Rose, R. Roberts, M. Rieder, A. N. Parker, G. Pare, C. J. O'Donnell, M. S. Nieminen, D. A. Nickerson, G. W. Montgomery, W. McArdle, D. Masson, N. G. Martin, F. Marroni, G. Lucas, R. Luben, M.-L. Lokki, G. Lettre, L. J. Launer, E. G. Lakatta, R. Laaksonen, K. O. Kyvik, I. R. König, K.-T. Khaw, L. M. Kaplan, A. Johansson, A. C. J. W. Janssens, W. Igl, G. K. Hovingh, C. Hengstenberg, A. S. Havulinna, N. D. Hastie, T. B. Harris, T. Haritunians, A. S. Hall, L. C. Groop, E. Gonzalez, N. B. Freimer, J. Erdmann, K. G. Ejebe, A. Döring, A. F. Dominiczak, S. Demissie, P. Deloukas, U. de Faire, G. Crawford, Y.-D. I. Chen, M. J. Caulfield, S. M. Boekholdt, T. L. Assimes, T. Quertermous, M. Seielstad, T. Y. Wong, E.-S. Tai, A. B. Feranil, C. W. Kuzawa, H. A. J. Taylor, S. B. Gabriel, H. Holm, V. Gudnason, R. M. Krauss, J. M. Ordovas, P. B. Munroe, J. S. Kooner, A. R. Tall, R. A. Hegele, J. J. P. Kastelein, E. E. Schadt, D. P. Strachan, M. P. Reilly, N. J. Samani, H. Schunkert, L. A. Cupples, M. S. Sandhu, P. M. Ridker, D. J. Rader, and S. Kathiresan, “Novel loci for adiponectin levels and their influence on type 2 diabetes and metabolic traits: a multi-ethnic meta-analysis of 45,891 individuals.,” PLoS Genet, vol. 8, no. 3, p. e1002607, 2012.
  40. Collaborator: A. Demirkan, C. M. van Duijn, P. Ugocsai, A. Isaacs, P. P. Pramstaller, G. Liebisch, J. F. Wilson, A. Johansson, I. Rudan, Y. S. Aulchenko, A. V. Kirichenko, A. C. J. W. Janssens, R. C. Jansen, C. Gnewuch, F. S. Domingues, C. Pattaro, S. H. Wild, I. Jonasson, O. Polasek, I. V. Zorkoltseva, A. Hofman, L. C. Karssen, M. Struchalin, J. Floyd, W. Igl, Z. Biloglav, L. Broer, A. Pfeufer, I. Pichler, S. Campbell, G. Zaboli, I. Kolcic, F. Rivadeneira, J. Huffman, N. D. Hastie, A. Uitterlinden, L. Franke, C. S. Franklin, V. Vitart, C. P. Nelson, M. Preuss, J. C. Bis, C. J. O'Donnell, N. Franceschini, J. C. M. Witteman, T. Axenovich, B. A. Oostra, T. Meitinger, A. A. Hicks, C. Hayward, A. F. Wright, U. Gyllensten, H. Campbell, and G. Schmitz, “Genome-wide association study identifies novel loci associated with circulating phospho- and sphingolipid concentrations.,” PLoS Genet, vol. 8, no. 2, p. e1002490, 2012.
  41. Collaborator: M. A. Kelly, S. D. Rees, M. Z. I. Hydrie, A. S. Shera, S. Bellary, J. P. O'Hare, S. Kumar, S. Taheri, A. Basit, and A. H. Barnett, “Circadian gene variants and susceptibility to type 2 diabetes: a pilot study.,” PLoS One, vol. 7, no. 4, p. e32670, 2012.
  42. N. D. Palmer, C. W. McDonough, P. J. Hicks, B. H. Roh, M. R. Wing, S. S. An, J. M. Hester, J. N. Cooke, M. A. Bostrom, M. E. Rudock, M. E. Talbert, J. P. Lewis, A. Ferrara, L. Lu, J. T. Ziegler, M. M. Sale, J. Divers, D. Shriner, A. Adeyemo, C. N. Rotimi, M. C. Y. Ng, C. D. Langefeld, B. I. Freedman, D. W. Bowden, B. F. Voight, L. J. Scott, V. Steinthorsdottir, A. P. Morris, C. Dina, R. P. Welch, E. Zeggini, C. Huth, Y. S. Aulchenko, G. Thorleifsson, L. J. Mcculloch, T. Ferreira, H. Grallert, N. Amin, G. Wu, C. J. Willer, S. Raychaudhuri, S. A. Mccarroll, C. Langenberg, O. M. Hofmann, J. Dupuis, L. Qi, A. V. Segrè, M. van Hoek, P. Navarro, K. Ardlie, B. Balkau, R. Benediktsson, A. J. Bennett, R. Blagieva, E. Boerwinkle, L. L. Bonnycastle, K. B. Boström, B. Bravenboer, S. Bumpstead, N. P. Burtt, G. Charpentier, P. S. Chines, M. Cornelis, D. J. Couper, G. Crawford, A. S. F. Doney, K. S. Elliott, A. L. Elliott, M. R. Erdos, C. S. Fox, C. S. Franklin, M. Ganser, C. Gieger, N. Grarup, T. Green, S. Griffin, C. J. Groves, C. Guiducci, S. Hadjadj, N. Hassanali, C. Herder, B. Isomaa, A. U. Jackson, P. R. V. Johnson, T. Jørgensen, W. H. L. Kao, N. Klopp, A. Kong, P. Kraft, J. Kuusisto, T. Lauritzen, M. Li, A. Lieverse, C. M. Lindgren, V. Lyssenko, M. Marre, T. Meitinger, K. Midthjell, M. A. Morken, N. Narisu, P. Nilsson, K. R. Owen, F. Payne, J. R. B. Perry, A.-K. Petersen, C. Platou, C. Proença, I. Prokopenko, W. Rathmann, N. W. Rayner, N. R. Robertson, G. Rocheleau, M. Roden, M. J. Sampson, R. Saxena, B. M. Shields, P. Shrader, G. Sigurdsson, T. Sparsø, K. Strassburger, H. M. Stringham, Q. Sun, A. J. Swift, B. Thorand, J. Tichet, T. Tuomi, R. M. van Dam, T. W. van Haeften, T. van Herpt, J. V. van Vliet-Ostaptchouk, G. B. Walters, M. N. Weedon, C. Wijmenga, J. Witteman, R. N. Bergman, S. Cauchi, F. S. Collins, A. L. Gloyn, U. Gyllensten, T. Hansen, W. A. Hide, G. A. Hitman, A. Hofman, D. J. Hunter, K. Hveem, M. Laakso, K. L. Mohlke, A. D. Morris, C. N. A. Palmer, P. P. Pramstaller, I. Rudan, E. Sijbrands, L. D. Stein, J. Tuomilehto, A. Uitterlinden, M. Walker, N. J. Wareham, R. M. Watanabe, G. R. Abecasis, B. O. Boehm, H. Campbell, M. J. Daly, A. T. Hattersley, F. B. Hu, J. B. Meigs, J. S. Pankow, O. Pedersen, H. E. Wichmann, I. Barroso, J. C. Florez, T. M. Frayling, L. Groop, R. Sladek, U. Thorsteinsdottir, J. F. Wilson, T. Illig, P. Froguel, C. M. van Duijn, K. Stefansson, D. Altshuler, M. Boehnke, M. I. McCarthy, N. Soranzo, E. Wheeler, N. L. Glazer, N. Bouatia-Naji, R. Mägi, J. Randall, T. Johnson, P. Elliott, D. Rybin, P. Henneman, A. Dehghan, J.-J. Hottenga, K. Song, A. Goel, J. M. Egan, T. Lajunen, A. Doney, S. Kanoni, C. Cavalcanti-Proença, M. Kumari, N. J. Timpson, C. Zabena, E. Ingelsson, P. An, J. O'Connell, J. Luan, A. Elliott, S. A. McCarroll, R. M. Roccasecca, F. Pattou, P. Sethupathy, Y. Ariyurek, P. Barter, J. P. Beilby, Y. Ben-Shlomo, S. Bergmann, M. Bochud, A. Bonnefond, K. Borch-Johnsen, Y. Böttcher, E. Brunner, S. J. Bumpstead, Y.-D. I. Chen, P. Chines, R. Clarke, L. J. M. Coin, M. N. Cooper, L. Crisponi, I. N. M. Day, E. J. C. de Geus, J. Delplanque, A. C. Fedson, A. Fischer-Rosinsky, N. G. Forouhi, R. Frants, M. G. Franzosi, P. Galan, M. O. Goodarzi, J. Graessler, S. Grundy, R. Gwilliam, G. Hallmans, N. Hammond, X. Han, A.-L. Hartikainen, C. Hayward, S. C. Heath, S. Hercberg, A. A. Hicks, D. R. Hillman, A. D. Hingorani, J. Hui, J. Hung, A. Jula, M. Kaakinen, J. Kaprio, Y. A. Kesaniemi, M. Kivimaki, B. Knight, S. Koskinen, P. Kovacs, K. O. Kyvik, G. M. Lathrop, D. A. Lawlor, O. Le Bacquer, C. Lecoeur, Y. Li, R. Mahley, M. Mangino, A. K. Manning, M. T. Martínez-Larrad, J. B. McAteer, R. McPherson, C. Meisinger, D. Melzer, D. Meyre, B. D. Mitchell, S. Mukherjee, S. Naitza, M. J. Neville, B. A. Oostra, M. Orrù, R. Pakyz, G. Paolisso, C. Pattaro, D. Pearson, J. F. Peden, N. L. Pedersen, M. Perola, A. F. H. Pfeiffer, I. Pichler, O. Polasek, D. Posthuma, S. C. Potter, A. Pouta, M. A. Province, B. M. Psaty, N. W. Rayner, K. Rice, S. Ripatti, F. Rivadeneira, O. Rolandsson, A. Sandbaek, M. Sandhu, S. Sanna, A. A. Sayer, P. Scheet, U. Seedorf, S. J. Sharp, B. Shields, E. J. G. Sijbrands, A. Silveira, L. Simpson, A. Singleton, N. L. Smith, U. Sovio, A. Swift, H. Syddall, A.-C. Syvänen, T. Tanaka, A. Tönjes, A. G. Uitterlinden, K. W. van Dijk, D. Varma, S. Visvikis-Siest, V. Vitart, N. Vogelzangs, G. Waeber, P. J. Wagner, A. Walley, K. L. Ward, H. Watkins, S. H. Wild, G. Willemsen, J. C. M. Witteman, J. W. G. Yarnell, D. Zelenika, B. Zethelius, G. Zhai, J. H. Zhao, M. C. Zillikens, I. B. Borecki, R. J. F. Loos, P. Meneton, P. K. E. Magnusson, D. M. Nathan, G. H. Williams, K. Silander, V. Salomaa, G. D. Smith, S. R. Bornstein, P. Schwarz, J. Spranger, F. Karpe, A. R. Shuldiner, C. Cooper, G. V. Dedoussis, M. Serrano-Ríos, L. Lind, L. J. Palmer, P. W. Franks, S. Ebrahim, M. Marmot, W. H. L. Kao, P. P. Pramstaller, A. F. Wright, M. Stumvoll, A. Hamsten, T. A. Buchanan, T. T. Valle, J. I. Rotter, D. S. Siscovick, B. W. J. H. Penninx, D. I. Boomsma, P. Deloukas, T. D. Spector, L. Ferrucci, A. Cao, A. Scuteri, D. Schlessinger, M. Uda, A. Ruokonen, M.-R. Jarvelin, D. M. Waterworth, P. Vollenweider, L. Peltonen, V. Mooser, and R. Sladek, “A genome-wide association search for type 2 diabetes genes in African Americans.,” PLoS One, vol. 7, no. 1, p. e29202, 2012.
  43. Collaborator: I. Rabhi, S. Rabhi, R. Ben-Othman, A. Rasche, A. Daskalaki, B. Trentin, D. Piquemal, B. Regnault, A. Descoteaux, and L. Guizani-Tabbane, “Transcriptomic signature of Leishmania infected mice macrophages: a metabolic point of view.,” PLoS Negl Trop Dis, vol. 6, no. 8, p. e1763, 2012.
  44. Collaborator: J. C. Chambers, W. Zhang, J. Sehmi, X. Li, M. N. Wass, P. van der Harst, H. Holm, S. Sanna, M. Kavousi, S. E. Baumeister, L. J. Coin, G. Deng, C. Gieger, N. L. Heard-Costa, J.-J. Hottenga, B. Kuhnel, V. Kumar, V. Lagou, L. Liang, J. Luan, P. M. Vidal, I. Mateo Leach, P. F. O'Reilly, J. F. Peden, N. Rahmioglu, P. Soininen, E. K. Speliotes, X. Yuan, G. Thorleifsson, B. Z. Alizadeh, L. D. Atwood, I. B. Borecki, M. J. Brown, P. Charoen, F. Cucca, D. Das, E. J. C. de Geus, A. L. Dixon, A. Döring, G. Ehret, G. I. Eyjolfsson, M. Farrall, N. G. Forouhi, N. Friedrich, W. Goessling, D. F. Gudbjartsson, T. B. Harris, A.-L. Hartikainen, S. Heath, G. M. Hirschfield, A. Hofman, G. Homuth, E. Hypponen, H. L. A. Janssen, T. Johnson, A. J. Kangas, I. P. Kema, J. P. Kuhn, S. Lai, M. Lathrop, M. M. Lerch, Y. Li, T. J. Liang, J.-P. Lin, R. J. F. Loos, N. G. Martin, M. F. Moffatt, G. W. Montgomery, P. B. Munroe, K. Musunuru, Y. Nakamura, C. J. O'Donnell, I. Olafsson, B. W. Penninx, A. Pouta, B. P. Prins, I. Prokopenko, R. Puls, A. Ruokonen, M. J. Savolainen, D. Schlessinger, J. N. L. Schouten, U. Seedorf, S. Sen-Chowdhry, K. A. Siminovitch, J. H. Smit, T. D. Spector, W. Tan, T. M. Teslovich, T. Tukiainen, A. G. Uitterlinden, M. M. Van der Klauw, R. S. Vasan, C. Wallace, H. Wallaschofski, H. E. Wichmann, G. Willemsen, P. Wurtz, C. Xu, L. M. Yerges-Armstrong, G. R. Abecasis, K. R. Ahmadi, D. I. Boomsma, M. Caulfield, W. O. Cookson, C. M. van Duijn, P. Froguel, K. Matsuda, M. I. McCarthy, C. Meisinger, V. Mooser, K. H. Pietiläinen, G. Schumann, H. Snieder, M. J. E. Sternberg, R. P. Stolk, H. C. Thomas, U. Thorsteinsdottir, M. Uda, G. Waeber, N. J. Wareham, D. M. Waterworth, H. Watkins, J. B. Whitfield, J. C. M. Witteman, B. H. R. Wolffenbuttel, C. S. Fox, M. Ala-Korpela, K. Stefansson, P. Vollenweider, H. Völzke, E. E. Schadt, J. Scott, M.-R. Jarvelin, P. Elliott, and J. S. Kooner, “Genome-wide association study identifies loci influencing concentrations of liver enzymes in plasma.,” Nat Genet, vol. 43, no. 11, pp. 1131–1138, Nov. 2011.
  45. A. Lal, M. P. Thomas, G. Altschuler, F. Navarro, E. O'Day, X. L. Li, C. Concepcion, Y.-C. Han, J. Thiery, D. K. Rajani, A. Deutsch, O. Hofmann, A. Ventura, W. Hide, and J. Lieberman, “Capture of microRNA-bound mRNAs identifies the tumor suppressor miR-34a as a regulator of growth factor signaling.,” PLoS Genet, vol. 7, no. 11, p. e1002363, Nov. 2011.
  46. Collaborator: R. J. Strawbridge, J. Dupuis, I. Prokopenko, A. Barker, E. Ahlqvist, D. Rybin, J. R. Petrie, M. E. Travers, N. Bouatia-Naji, A. S. Dimas, A. Nica, E. Wheeler, H. Chen, B. F. Voight, J. Taneera, S. Kanoni, J. F. Peden, F. Turrini, S. Gustafsson, C. Zabena, P. Almgren, D. J. P. Barker, D. Barnes, E. M. Dennison, J. G. Eriksson, P. Eriksson, E. Eury, L. Folkersen, C. S. Fox, T. M. Frayling, A. Goel, H. F. Gu, M. Horikoshi, B. Isomaa, A. U. Jackson, K. A. Jameson, E. Kajantie, J. Kerr-Conte, T. Kuulasmaa, J. Kuusisto, R. J. F. Loos, J. Luan, K. Makrilakis, A. K. Manning, M. T. Martínez-Larrad, N. Narisu, M. Nastase Mannila, J. Ohrvik, C. Osmond, L. Pascoe, F. Payne, A. A. Sayer, B. Sennblad, A. Silveira, A. Stancakova, K. Stirrups, A. J. Swift, A.-C. Syvänen, T. Tuomi, F. M. van 't Hooft, M. Walker, M. N. Weedon, W. Xie, B. Zethelius, H. Ongen, A. Malarstig, J. C. Hopewell, D. Saleheen, J. Chambers, S. Parish, J. Danesh, J. Kooner, C.-G. Ostenson, L. Lind, C. C. Cooper, M. Serrano-Ríos, E. Ferrannini, T. J. Forsen, R. Clarke, M. G. Franzosi, U. Seedorf, H. Watkins, P. Froguel, P. Johnson, P. Deloukas, F. S. Collins, M. Laakso, E. T. Dermitzakis, M. Boehnke, M. I. McCarthy, N. J. Wareham, L. Groop, F. Pattou, A. L. Gloyn, G. V. Dedoussis, V. Lyssenko, J. B. Meigs, I. Barroso, R. M. Watanabe, E. Ingelsson, C. Langenberg, A. Hamsten, and J. C. Florez, “Genome-wide association identifies nine common variants associated with fasting proinsulin levels and provides new insights into the pathophysiology of type 2 diabetes.,” Diabetes, vol. 60, no. 10, pp. 2624–2634, Oct. 2011.
  47. Collaborator: K. S. Small, A. K. Hedman, E. Grundberg, A. C. Nica, G. Thorleifsson, A. Kong, U. Thorsteindottir, S.-Y. Shin, H. B. Richards, N. Soranzo, K. R. Ahmadi, C. M. Lindgren, K. Stefansson, E. T. Dermitzakis, P. Deloukas, T. D. Spector, and M. I. McCarthy, “Identification of an imprinted master trans regulator at the KLF14 locus related to multiple metabolic phenotypes.,” Nat Genet, vol. 43, no. 6, pp. 561–564, Jun. 2011.
  48. S. Fu, L. Yang, P. Li, O. Hofmann, L. Dicker, W. Hide, X. Lin, S. M. Watkins, A. R. Ivanov, and G. S. Hotamisligil, “Aberrant lipid metabolism disrupts calcium homeostasis causing liver endoplasmic reticulum stress in obesity.,” Nature, vol. 473, no. 7348, pp. 528–531, May 2011.
  49. P. Rocca-Serra, M. Brandizi, E. Maguire, N. Sklyar, C. Taylor, K. Begley, D. Field, S. Harris, W. Hide, O. Hofmann, S. Neumann, P. Sterk, W. Tong, and S.-A. Sansone, “ISA software suite: supporting standards-compliant experimental annotation and enabling curation at the community level.,” Bioinformatics, vol. 26, no. 18, pp. 2354–2356, Sep. 2010.
  50. B. F. Voight, L. J. Scott, V. Steinthorsdottir, A. P. Morris, C. Dina, R. P. Welch, E. Zeggini, C. Huth, Y. S. Aulchenko, G. Thorleifsson, L. J. Mcculloch, T. Ferreira, H. Grallert, N. Amin, G. Wu, C. J. Willer, S. Raychaudhuri, S. A. Mccarroll, C. Langenberg, O. M. Hofmann, J. Dupuis, L. Qi, A. V. Segrè, M. van Hoek, P. Navarro, K. Ardlie, B. Balkau, R. Benediktsson, A. J. Bennett, R. Blagieva, E. Boerwinkle, L. L. Bonnycastle, K. Bengtsson Bostrom, B. Bravenboer, S. Bumpstead, N. P. Burtt, G. Charpentier, P. S. Chines, M. Cornelis, D. J. Couper, G. Crawford, A. S. F. Doney, K. S. Elliott, A. L. Elliott, M. R. Erdos, C. S. Fox, C. S. Franklin, M. Ganser, C. Gieger, N. Grarup, T. Green, S. Griffin, C. J. Groves, C. Guiducci, S. Hadjadj, N. Hassanali, C. Herder, B. Isomaa, A. U. Jackson, P. R. V. Johnson, T. Jørgensen, W. H. L. Kao, N. Klopp, A. Kong, P. Kraft, J. Kuusisto, T. Lauritzen, M. Li, A. Lieverse, C. M. Lindgren, V. Lyssenko, M. Marre, T. Meitinger, K. Midthjell, M. A. Morken, N. Narisu, P. Nilsson, K. R. Owen, F. Payne, J. R. B. Perry, A.-K. Petersen, C. Platou, C. Proença, I. Prokopenko, W. Rathmann, N. W. Rayner, N. R. Robertson, G. Rocheleau, M. Roden, M. J. Sampson, R. Saxena, B. M. Shields, P. Shrader, G. Sigurdsson, T. Sparsø, K. Strassburger, H. M. Stringham, Q. Sun, A. J. Swift, B. Thorand, J. Tichet, T. Tuomi, R. M. van Dam, T. W. van Haeften, T. van Herpt, J. V. van Vliet-Ostaptchouk, G. B. Walters, M. N. Weedon, C. Wijmenga, J. Witteman, R. N. Bergman, S. Cauchi, F. S. Collins, A. L. Gloyn, U. Gyllensten, T. Hansen, W. A. Hide, G. A. Hitman, A. Hofman, D. J. Hunter, K. Hveem, M. Laakso, K. L. Mohlke, A. D. Morris, C. N. A. Palmer, P. P. Pramstaller, I. Rudan, E. Sijbrands, L. D. Stein, J. Tuomilehto, A. Uitterlinden, M. Walker, N. J. Wareham, R. M. Watanabe, G. R. Abecasis, B. O. Boehm, H. Campbell, M. J. Daly, A. T. Hattersley, F. B. Hu, J. B. Meigs, J. S. Pankow, O. Pedersen, H. E. Wichmann, I. Barroso, J. C. Florez, T. M. Frayling, L. Groop, R. Sladek, U. Thorsteinsdottir, J. F. Wilson, T. Illig, P. Froguel, C. M. van Duijn, K. Stefansson, D. Altshuler, M. Boehnke, and M. I. McCarthy, “Twelve type 2 diabetes susceptibility loci identified through large-scale association analysis.,” Nat Genet, vol. 42, no. 7, pp. 579–589, Jul. 2010.
  51. T. Ravasi, H. Suzuki, C. V. Cannistraci, S. Katayama, V. B. Bajic, K. Tan, A. Akalin, S. Schmeier, M. Kanamori-Katayama, N. Bertin, P. Carninci, C. O. Daub, A. R. R. Forrest, J. Gough, S. Grimmond, J.-H. Han, T. Hashimoto, W. Hide, O. Hofmann, A. Kamburov, M. Kaur, H. Kawaji, A. Kubosaki, T. Lassmann, E. van Nimwegen, C. R. MacPherson, C. Ogawa, A. Radovanovic, A. Schwartz, R. D. Teasdale, J. Tegnér, B. Lenhard, S. A. Teichmann, T. Arakawa, N. Ninomiya, K. Murakami, M. Tagami, S. Fukuda, K. Imamura, C. Kai, R. Ishihara, Y. Kitazume, J. Kawai, D. A. Hume, T. Ideker, and Y. Hayashizaki, “An atlas of combinatorial transcriptional regulation in mouse and man.,” Cell, vol. 140, no. 5, pp. 744–752, Mar. 2010.
  52. N. N. Gichora, S. A. Fatumo, M. V. Ngara, N. Chelbat, K. Ramdayal, K. B. Opap, G. H. Siwo, M. O. Adebiyi, A. El Gonnouni, D. Zofou, A. A. M. Maurady, E. F. Adebiyi, E. P. de Villiers, D. K. Masiga, J. W. Bizzaro, P. Suravajhala, S. C. Ommeh, and W. Hide, “Ten simple rules for organizing a virtual conference--anywhere.,” PLoS Comput Biol, vol. 6, no. 2, p. e1000650, Feb. 2010.
  53. Collaborator: A. Kong, V. Steinthorsdottir, G. Masson, G. Thorleifsson, P. Sulem, S. Besenbacher, A. Jonasdottir, A. Sigurdsson, K. T. Kristinsson, A. Jonasdottir, M. L. Frigge, A. Gylfason, P. I. Olason, S. A. Gudjonsson, S. Sverrisson, S. N. Stacey, B. Sigurgeirsson, K. R. Benediktsdottir, H. Sigurdsson, T. Jonsson, R. Benediktsson, J. H. Olafsson, O. T. Johannsson, A. B. Hreidarsson, G. Sigurdsson, A. C. Ferguson-Smith, D. F. Gudbjartsson, U. Thorsteinsdottir, and K. Stefansson, “Parental origin of sequence variants associated with complex diseases.,” Nature, vol. 462, no. 7275, pp. 868–874, Dec. 2009.
  54. A. Lal, F. Navarro, C. A. Maher, L. E. Maliszewski, N. Yan, E. O'Day, D. Chowdhury, D. M. Dykxhoorn, P. Tsai, O. Hofmann, K. G. Becker, M. Gorospe, W. Hide, and J. Lieberman, “miR-24 Inhibits cell proliferation by targeting E2F2, MYC, and other cell-cycle genes via binding to ‘seedless’ 3'UTR microRNA recognition elements.,” Mol Cell, vol. 35, no. 5, pp. 610–625, Sep. 2009.
  55. H. Suzuki, A. R. R. Forrest, E. van Nimwegen, C. O. Daub, P. J. Balwierz, K. M. Irvine, T. Lassmann, T. Ravasi, Y. Hasegawa, M. J. L. de Hoon, S. Katayama, K. Schroder, P. Carninci, Y. Tomaru, M. Kanamori-Katayama, A. Kubosaki, A. Akalin, Y. Ando, E. Arner, M. Asada, H. Asahara, T. Bailey, V. B. Bajic, D. Bauer, A. G. Beckhouse, N. Bertin, J. Björkegren, F. Brombacher, E. Bulger, A. M. Chalk, J. Chiba, N. Cloonan, A. Dawe, J. Dostie, P. G. Engström, M. Essack, G. J. Faulkner, J. L. Fink, D. Fredman, K. Fujimori, M. Furuno, T. Gojobori, J. Gough, S. M. Grimmond, M. Gustafsson, M. Hashimoto, T. Hashimoto, M. Hatakeyama, S. Heinzel, W. Hide, O. Hofmann, M. Hörnquist, L. Huminiecki, K. Ikeo, N. Imamoto, S. Inoue, Y. Inoue, R. Ishihara, T. Iwayanagi, A. Jacobsen, M. Kaur, H. Kawaji, M. C. Kerr, R. Kimura, S. Kimura, Y. Kimura, H. Kitano, H. Koga, T. Kojima, S. Kondo, T. Konno, A. Krogh, A. Kruger, A. Kumar, B. Lenhard, A. Lennartsson, M. Lindow, M. Lizio, C. Macpherson, N. Maeda, C. A. Maher, M. Maqungo, J. Mar, N. A. Matigian, H. Matsuda, J. S. Mattick, S. Meier, S. Miyamoto, E. Miyamoto-Sato, K. Nakabayashi, Y. Nakachi, M. Nakano, S. Nygaard, T. Okayama, Y. Okazaki, H. Okuda-Yabukami, V. Orlando, J. Otomo, M. Pachkov, N. Petrovsky, C. Plessy, J. Quackenbush, A. Radovanovic, M. Rehli, R. Saito, A. Sandelin, S. Schmeier, C. Schönbach, A. S. Schwartz, C. A. Semple, M. Sera, J. Severin, K. Shirahige, C. Simons, G. St Laurent, M. Suzuki, T. Suzuki, M. J. Sweet, R. J. Taft, S. Takeda, Y. Takenaka, K. Tan, M. S. Taylor, R. D. Teasdale, J. Tegnér, S. Teichmann, E. Valen, C. Wahlestedt, K. Waki, A. Waterhouse, C. A. Wells, O. Winther, L. Wu, K. Yamaguchi, H. Yanagawa, J. Yasuda, M. Zavolan, D. A. Hume, T. Arakawa, S. Fukuda, K. Imamura, C. Kai, A. Kaiho, T. Kawashima, C. Kawazu, Y. Kitazume, M. Kojima, H. Miura, K. Murakami, M. Murata, N. Ninomiya, H. Nishiyori, S. Noma, C. Ogawa, T. Sano, C. Simon, M. Tagami, Y. Takahashi, J. Kawai, and Y. Hayashizaki, “The transcriptional network that controls growth arrest and differentiation in a human myeloid leukemia cell line.,” Nat Genet, vol. 41, no. 5, pp. 553–562, May 2009.
  56. G. Koscielny, V. Le Texier, C. Gopalakrishnan, V. Kumanduri, J.-J. Riethoven, F. Nardone, E. Stanley, C. Fallsehr, O. Hofmann, M. Kull, E. Harrington, S. Boué, E. Eyras, M. Plass, F. Lopez, W. Ritchie, V. Moucadel, T. Ara, H. Pospisil, A. Herrmann, J. G Reich, R. Guigó, P. Bork, M. V. K. Doeberitz, J. Vilo, W. Hide, R. Apweiler, T. A. Thanaraj, and D. Gautheret, “ASTD: The Alternative Splicing and Transcript Diversity database.,” Genomics, vol. 93, no. 3, pp. 213–220, Mar. 2009.
  57. O. Hofmann, O. L. Caballero, B. J. Stevenson, Y.-T. Chen, T. Cohen, R. Chua, C. A. Maher, S. Panji, U. Schaefer, A. Kruger, M. Lehvaslaiho, P. Carninci, Y. Hayashizaki, C. V. Jongeneel, A. J. G. Simpson, L. J. Old, and W. Hide, “Genome-wide analysis of cancer/testis gene expression.,” Proc Natl Acad Sci USA, vol. 105, no. 51, pp. 20422–20427, Dec. 2008.
  58. D. Howe, M. Costanzo, P. Fey, T. Gojobori, L. Hannick, W. Hide, D. P. Hill, R. Kania, M. Schaeffer, S. St Pierre, S. Twigger, O. White, and S. Y. Rhee, “Big data: The future of biocuration.,” Nature, vol. 455, no. 7209, pp. 47–50, Sep. 2008.
  59. S. Hazelhurst, W. Hide, Z. Lipták, R. Nogueira, and R. Starfield, “An overview of the wcd EST clustering tool.,” Bioinformatics, vol. 24, no. 13, pp. 1542–1546, Jul. 2008.
  60. D. R. Chopera, Z. Woodman, K. Mlisana, M. Mlotshwa, D. P. Martin, C. Seoighe, F. Treurnicht, D. A. de Rosa, W. Hide, S. A. Karim, C. M. Gray, and C. Williamson, “Transmission of HIV-1 CTL escape variants provides HLA-mismatched recipients with a survival advantage.,” PLoS Pathog., vol. 4, no. 3, p. e1000033, Mar. 2008.
  61. S. Mathivanan, M. Ahmed, N. G. Ahn, H. Alexandre, R. Amanchy, P. C. Andrews, J. S. Bader, B. M. Balgley, M. Bantscheff, K. L. Bennett, E. Björling, B. Blagoev, R. Bose, S. K. Brahmachari, A. S. Burlingame, X. R. Bustelo, G. Cagney, G. T. Cantin, H. L. Cardasis, J. E. Celis, R. Chaerkady, F. Chu, P. A. Cole, C. E. Costello, R. J. Cotter, D. Crockett, J. P. DeLany, A. M. De Marzo, L. V. DeSouza, E. W. Deutsch, E. Dransfield, G. Drewes, A. Droit, M. J. Dunn, K. Elenitoba-Johnson, R. M. Ewing, J. Van Eyk, V. Faca, J. Falkner, X. Fang, C. Fenselau, D. Figeys, P. Gagné, C. Gelfi, K. Gevaert, J. M. Gimble, F. Gnad, R. Goel, P. Gromov, S. M. Hanash, W. S. Hancock, H. C. Harsha, G. Hart, F. Hays, F. He, P. Hebbar, K. Helsens, H. Hermeking, W. Hide, K. Hjernø, D. F. Hochstrasser, O. Hofmann, D. M. Horn, R. H. Hruban, N. Ibarrola, P. James, O. N. Jensen, P. H. Jensen, P. Jung, K. Kandasamy, I. Kheterpal, R. F. Kikuno, U. Korf, R. Körner, B. Kuster, M.-S. Kwon, H.-J. Lee, Y.-J. Lee, M. Lefevre, M. Lehvaslaiho, P. Lescuyer, F. Levander, M. S. Lim, C. Löbke, J. A. Loo, M. Mann, L. Martens, J. Martinez-Heredia, M. McComb, J. McRedmond, A. Mehrle, R. Menon, C. A. Miller, H. Mischak, S. S. Mohan, R. Mohmood, H. Molina, M. F. Moran, J. D. Morgan, R. Moritz, M. Morzel, D. C. Muddiman, A. Nalli, J. D. Navarro, T. A. Neubert, O. Ohara, R. Oliva, G. S. Omenn, M. Oyama, Y.-K. Paik, K. Pennington, R. Pepperkok, B. Periaswamy, E. F. Petricoin, G. G. Poirier, T. S. K. Prasad, S. O. Purvine, B. A. Rahiman, P. Ramachandran, Y. L. Ramachandra, R. H. Rice, J. Rick, R. H. Ronnholm, J. Salonen, J.-C. Sanchez, T. Sayd, B. Seshi, K. Shankari, S. J. Sheng, V. Shetty, K. Shivakumar, R. J. Simpson, R. Sirdeshmukh, K. W. M. Siu, J. C. Smith, R. D. Smith, D. J. States, S. Sugano, M. Sullivan, G. Superti-Furga, M. Takatalo, V. Thongboonkerd, J. C. Trinidad, M. Uhlen, J. Vandekerckhove, J. Vasilescu, T. D. Veenstra, J.-M. Vidal-Taboada, M. Vihinen, R. Wait, X. Wang, S. Wiemann, B. Wu, T. Xu, J. R. Yates, J. Zhong, M. Zhou, Y. Zhu, P. Zurbig, and A. Pandey, “Human Proteinpedia enables sharing of human protein data.,” Nat Biotechnol, vol. 26, no. 2, pp. 164–167, Feb. 2008.
  62. C. Yamasaki, K. Murakami, Y. Fujii, Y. Sato, E. Harada, J.-I. Takeda, T. Taniya, R. Sakate, S. Kikugawa, M. Shimada, M. Tanino, K. O. Koyanagi, R. A. Barrero, C. Gough, H.-W. Chun, T. Habara, H. Hanaoka, Y. Hayakawa, P. B. Hilton, Y. Kaneko, M. Kanno, Y. Kawahara, T. Kawamura, A. Matsuya, N. Nagata, K. Nishikata, A. O. Noda, S. Nurimoto, N. Saichi, H. Sakai, R. Sanbonmatsu, R. Shiba, M. Suzuki, K. Takabayashi, A. Takahashi, T. Tamura, M. Tanaka, S. Tanaka, F. Todokoro, K. Yamaguchi, N. Yamamoto, T. Okido, J. Mashima, A. Hashizume, L. Jin, K.-B. Lee, Y.-C. Lin, A. Nozaki, K. Sakai, M. Tada, S. Miyazaki, T. Makino, H. Ohyanagi, N. Osato, N. Tanaka, Y. Suzuki, K. Ikeo, N. Saitou, H. Sugawara, C. O'Donovan, T. Kulikova, E. Whitfield, B. Halligan, M. Shimoyama, S. Twigger, K. Yura, K. Kimura, T. Yasuda, T. Nishikawa, Y. Akiyama, C. Motono, Y. Mukai, H. Nagasaki, M. Suwa, P. Horton, R. Kikuno, O. Ohara, D. Lancet, E. Eveno, E. Graudens, S. Imbeaud, M.-A. Debily, Y. Hayashizaki, C. Amid, M. Han, A. Osanger, T. Endo, M. A. Thomas, M. Hirakawa, W. Makalowski, M. Nakao, N.-S. Kim, H.-S. Yoo, S. J. de Souza, M. de F. Bonaldo, Y. Niimura, V. Kuryshev, I. Schupp, S. Wiemann, M. Bellgard, M. Shionyu, L. Jia, D. Thierry-Mieg, J. Thierry-Mieg, L. Wagner, Q. Zhang, M. Go, S. Minoshima, M. Ohtsubo, K. Hanada, P. Tonellato, T. Isogai, J. Zhang, B. Lenhard, S. Kim, Z. Chen, U. Hinz, A. Estreicher, K. Nakai, I. Makalowska, W. Hide, N. Tiffin, L. Wilming, R. Chakraborty, M. B. Soares, M. L. Chiusano, Y. Suzuki, C. Auffray, Y. Yamaguchi-Kabata, T. Itoh, T. Hishiki, S. Fukuchi, K. Nishikawa, S. Sugano, N. Nomura, Y. Tateno, T. Imanishi, and T. Gojobori, “The H-Invitational Database (H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts.,” Nucleic Acids Res, vol. 36, no. Database issue, pp. D793–9, Jan. 2008.
  63. M. Kaur, S. Schmeier, C. R. MacPherson, O. Hofmann, W. A. Hide, S. Taylor, N. Willcox, and V. B. Bajic, “Prioritizing genes of potential relevance to diseases affected by sex hormones: an example of myasthenia gravis.,” BMC Genomics, vol. 9, p. 481, 2008.
  64. A. Schwegmann, R. Guler, A. J. Cutler, B. Arendse, W. G. C. Horsnell, A. Flemming, A. H. Kottmann, G. Ryan, W. Hide, M. Leitges, C. Seoighe, and F. Brombacher, “Protein kinase C delta is essential for optimal macrophage-mediated phagosomal containment of Listeria monocytogenes.,” Proc Natl Acad Sci USA, vol. 104, no. 41, pp. 16251–16256, Oct. 2007.
  65. C. Seoighe, F. Ketwaroo, V. Pillay, K. Scheffler, N. Wood, R. Duffet, M. Zvelebil, N. Martinson, J. McIntyre, L. Morris, and W. Hide, “A model of directional selection applied to the evolution of drug resistance in HIV-1.,” Mol. Biol. Evol., vol. 24, no. 4, pp. 1025–1031, Apr. 2007.
  66. A. Kruger, O. Hofmann, P. Carninci, Y. Hayashizaki, and W. Hide, “Simplified ontologies allowing comparison of developmental mammalian gene expression.,” Genome Biol, vol. 8, no. 10, p. R229, 2007.
  67. Z. Lombard, N. Tiffin, O. Hofmann, V. B. Bajic, W. Hide, and M. Ramsay, “Computational selection and prioritization of candidate genes for fetal alcohol syndrome.,” BMC Genomics, vol. 8, p. 389, 2007.
  68. B. J. Stevenson, C. Iseli, S. Panji, M. Zahn-Zabal, W. Hide, L. J. Old, A. J. Simpson, and C. V. Jongeneel, “Rapid evolution of cancer/testis genes on the X chromosome.,” BMC Genomics, vol. 8, p. 129, 2007.
  69. V. B. Bajic, S. L. Tan, A. Christoffels, C. Schönbach, L. Lipovich, L. Yang, O. Hofmann, A. Kruger, W. Hide, C. Kai, J. Kawai, D. A. Hume, P. Carninci, and Y. Hayashizaki, “Mice and men: their promoter properties.,” PLoS Genet, vol. 2, no. 4, p. e54, Apr. 2006.
  70. A. Mehrle, H. Rosenfelder, I. Schupp, C. del Val, D. Arlt, F. Hahne, S. Bechtel, J. Simpson, O. Hofmann, W. Hide, K.-H. Glatting, W. Huber, R. Pepperkok, A. Poustka, and S. Wiemann, “The LIFEdb database in 2006.,” Nucleic Acids Res, vol. 34, no. Database issue, pp. D415–8, Jan. 2006.
  71. N. Tiffin, E. Adie, F. Turner, H. G. Brunner, M. A. van Driel, M. Oti, N. Lopez-Bigas, C. Ouzounis, C. Perez-Iratxeta, M. A. Andrade-Navarro, A. Adeyemo, M. E. Patti, C. A. M. Semple, and W. Hide, “Computational disease gene identification: a concert of methods prioritizes type 2 diabetes and obesity candidate genes.,” Nucleic Acids Res, vol. 34, no. 10, pp. 3067–3081, 2006.
  72. A. Ptitsyn and W. Hide, “CLU: a new algorithm for EST clustering.,” BMC Bioinformatics, vol. 6, p. S3, Jul. 2005.
  73. S. Aksoy, M. Berriman, N. Hall, M. Hattori, W. Hide, and M. J. Lehane, “A case for a Glossina genome project.,” Trends Parasitol., vol. 21, no. 3, pp. 107–111, Mar. 2005.
  74. M. Tanino, M.-A. Debily, T. Tamura, T. Hishiki, O. Ogasawara, K. Murakawa, S. Kawamoto, K. Itoh, S. Watanabe, S. J. de Souza, S. Imbeaud, E. Graudens, E. Eveno, P. Hilton, Y. Sudo, J. Kelso, K. Ikeo, T. Imanishi, T. Gojobori, C. Auffray, W. Hide, and K. Okubo, “The Human Anatomic Gene Expression Library (H-ANGEL), the H-Inv integrative display of human gene expression across disparate technologies and platforms.,” Nucleic Acids Res, vol. 33, no. Database issue, pp. D567–72, Jan. 2005.
  75. N. Tiffin, J. F. Kelso, A. R. Powell, H. Pan, V. B. Bajic, and W. A. Hide, “Integration of text- and data-mining using ontologies successfully selects disease gene candidates.,” Nucleic Acids Res, vol. 33, no. 5, pp. 1544–1552, 2005.
  76. T. Imanishi, T. Itoh, Y. Suzuki, C. O'Donovan, S. Fukuchi, K. O. Koyanagi, R. A. Barrero, T. Tamura, Y. Yamaguchi-Kabata, M. Tanino, K. Yura, S. Miyazaki, K. Ikeo, K. Homma, A. Kasprzyk, T. Nishikawa, M. Hirakawa, J. Thierry-Mieg, D. Thierry-Mieg, J. Ashurst, L. Jia, M. Nakao, M. A. Thomas, N. Mulder, Y. Karavidopoulou, L. Jin, S. Kim, T. Yasuda, B. Lenhard, E. Eveno, Y. Suzuki, C. Yamasaki, J.-I. Takeda, C. Gough, P. Hilton, Y. Fujii, H. Sakai, S. Tanaka, C. Amid, M. Bellgard, M. de F. Bonaldo, H. Bono, S. K. Bromberg, A. J. Brookes, E. Bruford, P. Carninci, C. Chelala, C. Couillault, S. J. de Souza, M.-A. Debily, M.-D. Devignes, I. Dubchak, T. Endo, A. Estreicher, E. Eyras, K. Fukami-Kobayashi, G. R. Gopinath, E. Graudens, Y. Hahn, M. Han, Z.-G. Han, K. Hanada, H. Hanaoka, E. Harada, K. Hashimoto, U. Hinz, M. Hirai, T. Hishiki, I. Hopkinson, S. Imbeaud, H. Inoko, A. Kanapin, Y. Kaneko, T. Kasukawa, J. Kelso, P. Kersey, R. Kikuno, K. Kimura, B. Korn, V. Kuryshev, I. Makalowska, T. Makino, S. Mano, R. Mariage-Samson, J. Mashima, H. Matsuda, H.-W. Mewes, S. Minoshima, K. Nagai, H. Nagasaki, N. Nagata, R. Nigam, O. Ogasawara, O. Ohara, M. Ohtsubo, N. Okada, T. Okido, S. Oota, M. Ota, T. Ota, T. Otsuki, D. Piatier-Tonneau, A. Poustka, S.-X. Ren, N. Saitou, K. Sakai, S. Sakamoto, R. Sakate, I. Schupp, F. Servant, S. Sherry, R. Shiba, N. Shimizu, M. Shimoyama, A. J. Simpson, B. Soares, C. Steward, M. Suwa, M. Suzuki, A. Takahashi, G. Tamiya, H. Tanaka, T. Taylor, J. D. Terwilliger, P. Unneberg, V. Veeramachaneni, S. Watanabe, L. Wilming, N. Yasuda, H.-S. Yoo, M. Stodolsky, W. Makalowski, M. Go, K. Nakai, T. Takagi, M. Kanehisa, Y. Sakaki, J. Quackenbush, Y. Okazaki, Y. Hayashizaki, W. Hide, R. Chakraborty, K. Nishikawa, H. Sugawara, Y. Tateno, Z. Chen, M. Oishi, P. Tonellato, R. Apweiler, K. Okubo, L. Wagner, S. Wiemann, R. L. Strausberg, T. Isogai, C. Auffray, N. Nomura, T. Gojobori, and S. Sugano, “Integrative annotation of 21,037 human genes validated by full-length cDNA clones.,” PLoS Biol, vol. 2, no. 6, p. e162, Jun. 2004.
  77. E. C. Swart, W. A. Hide, and C. Seoighe, “FRAGS: estimation of coding sequence substitution rates from fragmentary data.,” BMC Bioinformatics, vol. 5, p. 8, Jan. 2004.
  78. W. A. Hide and R. D. Isokpehi, “Positive selection scanning of parasite DNA sequences.,” Methods Mol Biol, vol. 270, pp. 127–150, 2004.
  79. A. A. Sharov, Y. Piao, R. Matoba, D. B. Dudekula, Y. Qian, V. VanBuren, G. Falco, P. R. Martin, C. A. Stagg, U. C. Bassey, Y. Wang, M. G. Carter, T. Hamatani, K. Aiba, H. Akutsu, L. Sharova, T. S. Tanaka, W. L. Kimber, T. Yoshikawa, S. A. Jaradat, S. Pantano, R. Nagaraja, K. R. Boheler, D. Taub, R. J. Hodes, D. L. Longo, D. Schlessinger, J. Keller, E. Klotz, G. Kelsoe, A. Umezawa, A. L. Vescovi, J. Rossant, T. Kunath, B. L. M. Hogan, A. Curci, M. D'Urso, J. Kelso, W. Hide, and M. S. H. Ko, “Transcriptome analysis of mouse stem cells and early embryos.,” PLoS Biol, vol. 1, no. 3, p. E74, Dec. 2003.
  80. H. Brentani, O. L. Caballero, A. A. Camargo, A. M. da Silva, W. A. J. da Silva, E. Dias Neto, M. Grivet, A. Gruber, P. E. M. Guimaraes, W. Hide, C. Iseli, C. V. Jongeneel, J. Kelso, M. A. Nagai, E. P. B. Ojopi, E. C. Osorio, E. M. R. Reis, G. J. Riggins, A. J. G. Simpson, S. de Souza, B. J. Stevenson, R. L. Strausberg, E. H. Tajara, S. Verjovski-Almeida, M. L. Acencio, M. H. Bengtson, F. Bettoni, W. F. Bodmer, M. R. S. Briones, L. P. Camargo, W. Cavenee, J. M. Cerutti, L. E. Coelho Andrade, P. C. Costa dos Santos, M. C. Ramos Costa, I. T. da Silva, M. R. H. Estécio, K. Sa Ferreira, F. B. Furnari, M. J. Faria, P. A. F. Galante, G. S. Guimaraes, A. J. Holanda, E. T. Kimura, M. R. Leerkes, X. Lu, R. M. B. Maciel, E. A. L. Martins, K. B. Massirer, A. S. A. Melo, C. A. Mestriner, E. C. Miracca, L. L. Miranda, F. G. Nobrega, P. S. Oliveira, A. C. M. Paquola, J. R. C. Pandolfi, M. I. de M. Campos Pardini, F. Passetti, J. Quackenbush, B. Schnabel, M. C. Sogayar, J. E. Souza, S. R. Valentini, A. C. Zaiats, E. J. Amaral, L. A. T. Arnaldi, A. G. de Araújo, S. A. de Bessa, D. C. Bicknell, M. E. Ribeiro de Camaro, D. M. Carraro, H. Carrer, A. F. Carvalho, C. Colin, F. Costa, C. Curcio, I. D. C. Guerreiro da Silva, N. Pereira da Silva, M. Dellamano, H. El-Dorry, E. M. Espreafico, A. J. Scattone Ferreira, C. Ayres Ferreira, M. A. H. Z. Fortes, A. H. Gama, D. Giannella-Neto, M. L. C. C. Giannella, R. R. Giorgi, G. H. Goldman, M. H. S. Goldman, C. Hackel, P. L. Ho, E. M. Kimura, L. P. Kowalski, J. E. Krieger, L. C. C. Leite, A. Lopes, A. M. S. C. Luna, A. Mackay, S. K. N. Mari, A. A. Marques, W. K. Martins, A. Montagnini, M. Mourão Neto, A. L. T. O. Nascimento, A. M. Neville, M. P. Nobrega, M. J. O'Hare, A. Y. Otsuka, A. I. Ruas de Melo, M. L. Paco-Larson, G. Guimarães Pereira, J. B. Pesquero, J. G. Pessoa, P. Rahal, C. A. Rainho, V. Rodrigues, S. R. Rogatto, C. M. Romano, J. G. Romeiro, B. M. Rossi, M. Rusticci, R. Guerra de Sá, S. C. Sant Anna, M. L. Sarmazo, T. C. de L. E. Silva, F. A. Soares, M. de F. Sonati, J. de Freitas Sousa, D. Queiroz, V. Valente, A. L. Vettore, F. E. Villanova, M. A. Zago, and H. Zalcberg, “The generation and utilization of a cancer-oriented representation of the human transcriptome by using expressed sequence tags.,” Proc Natl Acad Sci USA, vol. 100, no. 23, pp. 13418–13423, Nov. 2003.
  81. R. D. Isokpehi and W. A. Hide, “Integrative analysis of intraerythrocytic differentially expressed transcripts yields novel insights into the biology of Plasmodium falciparum.,” Malar J, vol. 2, no. 1, p. 38, Nov. 2003.
  82. W. Hide, D. Smedley, M. McCarthy, and J. Kelso, “Application of eVOC: controlled vocabularies for unifying gene expression data.,” C R Biol, vol. 326, no. 10, pp. 1089–1096, Oct. 2003.
  83. J. Kelso, J. Visagie, G. Theiler, A. Christoffels, S. Bardien, D. Smedley, D. Otgaar, G. Greyling, C. V. Jongeneel, M. I. McCarthy, T. Hide, and W. Hide, “eVOC: a controlled vocabulary for unifying gene expression data.,” Genome Res, vol. 13, no. 6, pp. 1222–1230, Jun. 2003.
  84. M. I. McCarthy, D. Smedley, and W. Hide, “New methods for finding disease-susceptibility genes: impact and potential.,” Genome Biol, vol. 4, no. 10, p. 119, 2003.
  85. V. VanBuren, Y. Piao, D. B. Dudekula, Y. Qian, M. G. Carter, P. R. Martin, C. A. Stagg, U. C. Bassey, K. Aiba, T. Hamatani, G. J. Kargul, A. G. Luo, J. Kelso, W. Hide, and M. S. H. Ko, “Assembly, verification, and initial annotation of the NIA mouse 7.4K cDNA clone set.,” Genome Res, vol. 12, no. 12, pp. 1999–2003, Dec. 2002.
  86. J. E. Carpenter, A. Christoffels, Y. Weinbach, and W. A. Hide, “Assessment of the parallelization approach of d2_cluster for high-performance sequence clustering.,” J Comput Chem, vol. 23, no. 7, pp. 755–757, May 2002.
  87. W. Davids, J. Gamieldien, D. A. Liberles, and W. Hide, “Positive selection scanning reveals decoupling of enzymatic activities of carbamoyl phosphate synthetase in Helicobacter pylori.,” Journal of molecular evolution, vol. 54, no. 4, pp. 458–464, Apr. 2002.
  88. S. Appel, M. Filter, A. Reis, H. C. Hennies, A. Bergheim, E. Ogilvie, S. Arndt, A. Simmons, M. Lovett, W. Hide, M. Ramsay, K. Reichwald, W. Zimmermann, and A. Rosenthal, “Physical and transcriptional map of the critical region for keratolytic winter erythema (KWE) on chromosome 8p22-p23 between D8S550 and D8S1759.,” Eur J Hum Genet, vol. 10, no. 1, pp. 17–25, Jan. 2002.
  89. J. Gamieldien, A. Ptitsyn, and W. Hide, “Eukaryotic genes in Mycobacterium tuberculosis could have a role in pathogenesis and immunomodulation.,” Trends Genet, vol. 18, no. 1, pp. 5–8, Jan. 2002.
  90. J. M. Carlton, R. Muller, C. A. Yowell, M. R. Fluegge, K. A. Sturrock, J. R. Pritt, E. Vargas-Serrato, M. R. Galinski, J. W. Barnwell, N. Mulder, A. Kanapin, S. E. Cawley, W. A. Hide, and J. B. Dame, “Profiling the malaria genome: a gene survey of three species of malaria parasite with comparison to other apicomplexan species.,” Mol Biochem Parasitol, vol. 118, no. 2, pp. 201–210, Dec. 2001.
  91. W. A. Hide, V. Mizrahi, B. Venkatesh, S. Brenner, A. Simpson, G. Blatch, H. Soodyall, K. Denby, M. Wingfield, B. Wingfield, P. van Helden, R. Ramesar, R. Dorrington, J. Kelso, E. Oppon, E. Goyvaerts, M. Ramsay, E. de Villiers, C. van Heerden, B. Allsopp, and C. Seoighe, “A platform for genomics in South Africa.,” S. Afr. Med. J., vol. 91, no. 12, pp. 1006–1007, Dec. 2001.
  92. E. Gyotoku, E. Morita, Y. Kameyoshi, T. Hiragun, S. Yamamoto, and M. Hide, “The IL-6 family cytokines, interleukin-6, interleukin-11, oncostatin M, and leukemia inhibitory factor, enhance mast cell growth through fibroblast-dependent pathway in mice.,” Arch Dermatol Res, vol. 293, no. 10, pp. 508–514, Nov. 2001.
  93. W. A. Hide, V. N. Babenko, P. A. van Heusden, C. Seoighe, and J. F. Kelso, “The contribution of exon-skipping events on chromosome 22 to protein coding diversity.,” Genome Res, vol. 11, no. 11, pp. 1848–1853, Nov. 2001.
  94. T. Mashishi, S. Loubser, W. A. Hide, G. Hunt, L. Morris, G. Ramjee, S. Abdool-Karim, C. Williamson, and C. M. Gray, “Conserved domains of subtype C nef from South African HIV type 1-infected individuals include cytotoxic T lymphocyte epitope-rich regions.,” AIDS Res. Hum. Retroviruses, vol. 17, no. 17, pp. 1681–1687, Nov. 2001.
  95. W. A. Hide, “ExScript: an ‘ex’-centric approach to the description of transcript diversity.,” Bioinformatics, vol. 17, no. 6, pp. 485–486, Jun. 2001.
  96. A. Christoffels, A. van Gelder, G. Greyling, R. Miller, T. Hide, and W. A. Hide, “STACK: Sequence Tag Alignment and Consensus Knowledgebase.,” Nucleic Acids Res, vol. 29, no. 1, pp. 234–238, Jan. 2001.
  97. N. C. Gey Van Pittius, J. Gamieldien, W. A. Hide, G. D. Brown, R. J. Siezen, and A. D. Beyers, “The ESAT-6 gene cluster of Mycobacterium tuberculosis and other high G+C Gram-positive bacteria.,” Genome Biol, vol. 2, no. 10, p. RESEARCH0044, 2001.
  98. R. M. Warren, M. Richardson, S. L. Sampson, G. D. van der Spuy, W. Bourn, J. H. Hauman, H. Heersma, W. A. Hide, N. Beyers, and P. D. van Helden, “Molecular evolution of Mycobacterium tuberculosis: phylogenetic reconstruction of clonal expansion.,” Tuberculosis (Edinb), vol. 81, no. 4, pp. 291–302, 2001.
  99. J. Burke, D. Davison, and W. A. Hide, “d2_cluster: a validated method for clustering EST and full-length cDNAsequences.,” Genome Res, vol. 9, no. 11, pp. 1135–1142, Nov. 1999.
  100. R. T. Miller, A. G. Christoffels, C. Gopalakrishnan, J. Burke, A. A. Ptitsyn, T. R. Broveak, and W. A. Hide, “A comprehensive approach to clustering of expressed human gene sequence: the sequence tag alignment and consensus knowledge base.,” Genome Res, vol. 9, no. 11, pp. 1143–1155, Nov. 1999.
  101. L. S. Sullivan, J. R. Heckenlively, S. J. Bowne, J. Zuo, W. A. Hide, A. Gal, M. Denton, C. F. Inglehearn, S. H. Blanton, and S. P. Daiger, “Mutations in a novel retina-specific gene cause autosomal dominant retinitis pigmentosa.,” Nat Genet, vol. 22, no. 3, pp. 255–259, Jul. 1999.
  102. J. Burke, H. Wang, W. A. Hide, and D. B. Davison, “Alternative gene form discovery and candidate gene selection from gene indexing projects.,” Genome Res, vol. 8, no. 3, pp. 276–290, Mar. 1998.
  103. E. van der Ryst, C. Gray, C. Williamson, L. Morris, Q. Abdool Karim, W. A. Hide, and J. Esparza, “Promoting HIV vaccine research and development in southern Africa.,” S. Afr. Med. J., vol. 87, no. 8, pp. 1015–1016, Aug. 1997.
  104. W. A. Hide, J. Burke, and D. B. Davison, “Biological evaluation of d2, an algorithm for high-performance sequence comparison.,” J. Comput. Biol., vol. 1, no. 3, pp. 199–215, 1994.
  105. T. H. Adams, W. A. Hide, L. N. Yager, and B. N. Lee, “Isolation of a gene required for programmed initiation of development by Aspergillus nidulans.,” Molecular and Cellular Biology, vol. 12, no. 9, pp. 3827–3833, Sep. 1992.
  106. W. H. Li, W. A. Hide, and D. Graur, “Origin of rodents and guinea-pigs.,” Nature, vol. 359, no. 6393, pp. 277–278, Sep. 1992.
  107. K. Ishimura-Oka, C. F. Semenkovich, F. Faustinella, I. J. Goldberg, N. Shachter, L. C. Smith, T. Coleman, W. A. Hide, W. V. Brown, and K. Oka, “A missense (Asp250----Asn) mutation in the lipoprotein lipase gene in two unrelated families with familial lipoprotein lipase deficiency.,” J. Lipid Res., vol. 33, no. 5, pp. 745–754, May 1992.
  108. W. H. Li, W. A. Hide, A. Zharkikh, D. P. Ma, and D. Graur, “The molecular taxonomy and evolution of the guinea pig.,” J. Hered., vol. 83, no. 3, pp. 174–181, May 1992.
  109. D. Graur, W. A. Hide, A. Zharkikh, and W. H. Li, “The biochemical phylogeny of guinea-pigs and gundis, and the paraphyly of the order rodentia.,” Comp. Biochem. Physiol., B, vol. 101, no. 4, pp. 495–498, Apr. 1992.
  110. W. A. Hide, L. Chan, and W. H. Li, “Structure and evolution of the lipase superfamily.,” J. Lipid Res., vol. 33, no. 2, pp. 167–178, Feb. 1992.
  111. D. Graur, W. A. Hide, and W. H. Li, “Is the guinea-pig a rodent?,” Nature, vol. 351, no. 6328, pp. 649–652, Jun. Recent publications

Visit My Blog

Biography & Awards

Professor Hide graduated in Zoology with an Upper Second Honours from the University of Wales (Cardiff) in 1981. He attended graduate school at the Temple University, Philadelphia and graduated with a PhD in molecular genetics in 1991.

In 1992 he performed post doctoral training with Wen Hsuing-Li at the University of Texas, Houston, where he published his first Nature paper and in 1993 went on to train with David Pawson at the Smithsonian Institution National Natural History Museum, in 1994 with Richard Gibbs at the Baylor Human Genome Centre, Houston,  and with Dan Davison at the University of Houston. In 1995 he gained industrial experience in Silicon Valley at MasPar Computer corporation as Director of Genomics.

In 1996 Professor Hide founded the South African National Bioinformatics Institute at the University of Western Cape, South Africa and was appointed Professor in 1999.

In 2007, he became visiting Professor of Bioinformatics at Harvard School of Public Health, and won the Oppenheimer Foundation Distinguished Sabbatical Research Fellowship.

In 2008, Hide was the subject of a directed search and became an associate professor at the Department of Biostatistics at Harvard School of Public Health. Also, in 2008 Hide founded the Harvard School of Public Health bioinformatics Core and became Director of the Harvard Stem Cell Institute Center for Stem Cell Bioinformatics.

In 2014, Hide accepted a Chair, and became Professor of Computational Biology, at the Sheffield Institute for Translational Neurosciences within the Department of Neuroscience at the University of Sheffield.

Hide has been awarded the National President’s Award for research in 1998, was elected to membership of  the Academy of Science of South Africa in 2007 and also in 2007, won the Oppenheimer Foundation Distinguished Sabbatical Research Fellowship. In 2011, he was the first recipient of the International Society for Computational Biology award for Outstanding Achievement - in recognition of his work for the development of computational biology and bioinformatics in Africa.

Awards

Hide has been awarded the National President’s Award for research in 1998, was elected to membership of  the Academy of Science of South Africa in 2007 and also in 2007, won the Oppenheimer Foundation Distinguished Sabbatical Research Fellowship. In 2011, he was the first recipient of the International Society for Computational Biology award for Outstanding Achievement - in recognition of his work for the development of computational biology and bioinformatics in Africa.

Contact Details

Sheffield Institute for Translational Neuroscience
Department of Neuroscience
University of Sheffield
385a Glossop Road
Sheffield
S10 2HQ

T:+44 (0)114 2222261
E: winhide[AT]shef.ac.uk
Twitter: [AT]winhide

Secretary: Rebecca Crossland
T: +44 (0)114 2222261
E: rebecca.crossland@shef.ac.uk